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Offre de thèse à Toulouse (H/F). Projet ERC. Etude expérimentale de la croissance de biofilms bactériens en milieux poreux.

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR5502-YOHDAV-004
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : lundi 29 avril 2019
Nom du responsable scientifique : Yohan Davit
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 10 juin 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 1 768,55 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

L'objectif de ce travail de thèse est d'étudier la biophysique du développement de populations bactériennes au sein de structures poreuses. L'idée est de combiner un système de micro-bioréacteur imprimé en 3D avec différentes approches de mesures. On utilisera notamment la microtomographie à rayons X qui permet de déterminer la distribution spatiale des bactéries au sein de la matrice poreuse. Le système expérimental est déjà en grande partie développé.

Le détail du travail pourra être adapté au profil du candidat. Je cherche avant tout quelqu'un d'extrêmement motivé qui sera pleinement impliqué dans l'équipe de recherche du projet ERC (plusieurs thèses et postdoc en parallèle).

Contexte de travail

Ce travail de thèse fait partie d'un projet européen (BEBOP, 2019-2014) financé par l'ERC. Le but de BEBOP est de déterminer si on peut utiliser les bactéries pour contrôler les propriétés de structures poreuses (par exemple la porosité ou la perméabilité). Ceci permettrait de développer une nouvelle génération de biotechnologies, tels que des matériaux de constructions auto-réparant ou des bioréacteurs autonettoyant. L'obstacle scientifique principal pour le développement d'une telle technologie est l'absence de compréhension des mécanismes biophysiques associés au développement de populations bactériennes dans des structures poreuses complexes. Ainsi, le premier objectif de BEBOP est de mieux comprendre comment l'écoulement, les phénomènes de transport et les communautés bactériennes (biofilms) interagissent au sein de structures connectées et hétérogènes. Pour répondre à ces questions, on combinera microfluidique et impression 3D de micro-bioréacteurs poreux ; imagerie par fluorescence et rayons X ; simulations numériques haut-performance qui associent CFD, modélisation cellulaire et approches de type réseaux de pores. Le second objectif de BEBOP est de créer les premiers éléments d'une théorie du contrôle des bactéries en milieux poreux et de construire un bioréacteur de démonstration.

Le laboratoire de recherche à Toulouse est l'Institut de Mécanique des Fluides (Allee Camille Soula, 31400 Toulouse, France), qui est associé à la fois au CNRS et à l'Université de Toulouse. C'est un des plus grands laboratoire de mécanique des fluides en France, avec environ 65 chercheurs, 35 techniciens et ingénieurs, 80 thésards et 20 postdoctorants. Les domaines de recherche couvrent un gamme assez large en mécanique des fluides (biomécanique, turbulence, écoulements multiphasiques etc...). L'IMFT est considéré comme un des meilleurs laboratoires dans son domaine en France.

Contraintes et risques

- Travailler dans un laboratoire de type L2 en microbiologie.
- Manipuler des microorganismes.

Informations complémentaires

- Lab: Allee Camille Soula, 31400 Toulouse, France.

- Plus d'infos @ IMFT, http://yohan-davit.com

- Ne pas hésiter à me contacter pour des questions.

- La date de début est flexible.

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