Thèse de doctorat H/F + : Une histoire paléogénomique du cheval domestique en Eurasie.

Description du Poste

Sujet De Thèse

La domestication du cheval dans les steppes de la basse vallée du Don et de la Volga il y a 4200 ans a constitué un véritable tournant dans l'histoire des sociétés humaines, affectant aussi bien la dynamique de leurs relations, que leur capacité à se faire la guerre et leurs systèmes de croyances. Le cheval les a en effet dotées d'une capacité à se déplacer à des vitesses encore inégalées sur de longues distances, facilitant ainsi les contacts et les échanges entre les peuples. Mais qu'il soit attelé aux chars de guerre ou monté, le cheval a aussi vite fait de prendre une place centrale dans l'arsenal militaire ; il a ainsi représenté un allié indispensable à l'expansion et à la défense de nombreux empires au cours de l'histoire, jusqu'à la seconde guerre mondiale où il cohabita avec les chars blindés motorisés. Par sa vitesse, sa puissance, et le prestige qui lui est associé, le cheval n'a enfin pas manqué d'être enterré aux côtés des humains, témoignant d'un lien fort, religieux, liant les deux espèces par-delà la mort.
Si notre compréhension de l'histoire des chevaux n'a pu longtemps progresser que par les méthodes classiques de l'archéologie et des sciences historiques, elle a pu, ces dernières années, considérablement avancer grâce à l'essor des sciences génomiques, et en particulier notre capacité à cartographier les variations (épi)génétiques des chevaux à la fois dans l'espace et dans le temps, à partir de restes archéologiques vieux de quelques siècles à quelques milliers d'années. La connaissance des génomes des chevaux anciens nous permet ainsi désormais à la fois de retracer les réseaux de production et d'échange des chevaux, que de prédire leurs caractéristiques biologiques, révélant ainsi la diversité des pratiques d'élevage et rituelles déployées au cours de l'histoire.
Dans le cadre des programmes ERC PEGASUS et ERC Synergy Horse Power, notre laboratoire a séquencer des milliers de génomes anciens de chevaux domestiques. Ces derniers datent principalement des trois derniers milliers d'années, et recoupent les chevaux utilisés par de très nombreuses cultures à travers l'Europe et l'Eurasie.
Les données de génomes complets ayant déjà été générées et validées, ce travail de thèse reposera sur leur analyse bio-informatique, en vue de caractériser leurs variations (épi)génétiques, la dynamique à travers l'espace et le temps de la structure des populations, des effectifs efficaces de chevaux produits et des patrons de sélection. L'étude adoptera autant une échelle régionale, voire locale, focalisée sur des sites archéologiques proches caractérisés génétiquement par un long transect temporel, qu'une échelle globale visant à retrouver les périodes historico-culturelles marqués par des grands changements de stratégie d'échange et de production.

Votre Environnement de Travail

Le/la doctorant(e) sera hébergé au sein de l'équipe AGES du laboratoire CAGT. Ce laboratoire est une unité mixte du CNRS, et de l'Université Toulouse III – Paul Sabatier, implantée sur le site toulousain de la faculté de médecine de Purpan. L'unité compte 50+ personnes, dont environ 30 permanents. L'unité mène des recherches dans les domaines de la génomique évolutive, la paléogénétique, l'anthropologie et la médecine évolutive.
Le groupe AGES, associe un large panel de scientifiques issus de l'archéologie moléculaire, de la biologie évolutive, de l'écologie, de l'anthropologie et de la bio-informatique, tous choisis pour rechercher ensemble comment de telles transitions majeures passées ont impacté notre trajectoire évolutive, modulé notre biologie comme notre santé, et comment nous activités ont en retour impacté notre environnement et les communautés d'espèces avec lesquelles nous sommes en interaction.

Contraintes et risques

Le.a candidat.e recruté.e aura des connaissances solides de génétique des populations et de génomique évolutive, et maîtrisera un langage informatique de programmation (e.g. bash, Perl, Python, R). Le.a candidat.e aura une expérience directe d'analyse de données de séquençage, en particulier dans la manipulation de vastes jeux d'alignement de données génomiques de nouvelle génération. Le.a candidat.e pourra communiquer en Anglais, une partie du laboratoire d'accueil étant non-francophone. Il/elle sera doué.e de capacités de synthèse des travaux en cours et sera soucieux.se d'appliquer les procédures idoines garantissant la réplicabilité des analyses bio-informatiques, notamment par la mise en place de procédures transparentes et reproductibles.

Rémunération et avantages

Rémunération

2 135,00 € brut mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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