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Contrat doctoral (H/F) – Évolution Génomique et Morphologique des Moules - CAGT Toulouse France

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 24 mai 2021

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Informations générales

Référence : UMR5288-CLIDER-001
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : lundi 3 mai 2021
Nom du responsable scientifique : Clio Der Sarkissian/José Braga
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Le sujet proposé fait partie d'un projet multidisciplinaire visant à mieux comprendre l'impact des conditions environnementales sur les moules du genre Mytilus dans le temps et l'espace. En utilisant les dernières méthodes de morphométrie 3D et de paléo-génomique, l'objectif sera de caractériser les relations entre réponses biologiques (phénotypiques et génomiques) et changements environnementaux.
Le travail de recherche du.e le.a futur.e doctorant.e se basera sur une collection de coquilles de moules modernes et anciennes prélevées le long de gradients environnementaux. Il consistera à générer et analyser des données génomiques anciennes et modernes ainsi qu'à acquérir et à traiter des scans micro-CT 3D dans le but d'identifier les traits candidats influencés par des facteurs environnementaux. Pour plus d'informations, voir nos travaux précédents : Der Sarkissian et al., 2017 Molecular Ecology Resources et Der Sarkissian et al., 2020 Frontiers in Ecology and Evolution ; ainsi que Orlando et al. 2021, Nature Reviews Methods Primers pour une revue sur l'ADN ancien.

Contexte de travail

Ce projet est financé par l'Agence Nationale de la Recherche (MEET, site internet : https://cagt.cnrs.fr/meet/) et le.a doctorant.e rejoindra une équipe multidisciplinaire internationale d'experts en génomique ancienne, analyses statistiques des formes, et écologie.
Le.a doctorant.e sera accueilli.e au sein de l'équipe AGES (Archéologie, Génomique, Évolution et Sociétés) dirigée par Ludovic Orlando au Centre d'Anthropobiologie et de Génomique de Toulouse (CAGT, UMR5288 CNRS, site internet: https://cagt.cnrs.fr/, Twitter: @CAGToulouse) de l'Université de Toulouse 3, France. Le.a doctorant.e sera supervisé.e par Clio Der Sarkissian, chercheuse en génomique ancienne. Elle développe des approches pionnières pour appliquer des techniques de pointe à l'étude de coquilles de mollusques retrouvées dans les archives archéologiques ou les collections de musées. Le deuxième superviseur sera José Braga, un paléoanthropologue qui emploie les dernières méthodes statistiques pour la modélisation de la variabilité des formes.
Le CAGT est un environnement de recherche international et multidisciplinaire, réunissant (paléo-) généticiens, paléontologues, anthropologues, archéologues et experts en imagerie dans le but de mieux comprendre les interactions complexes entre les populations humaines, la biodiversité et leur environnement au cours du temps. Le CAGT bénéficie de relations privilégiées avec le Muséum d'Histoire Naturelle de Toulouse, voisin du laboratoire. Située sur le campus de la Faculté de Médecine de Purpan, le CAGT offre un cadre de travail agréable, au centre de Toulouse, ville réputée pour sa vie étudiante, sa qualité de vie et sa proximité avec les Pyrénées, la Mer Méditerranée et l'Océan Atlantique.

Contraintes et risques

Nous recherchons un.e candidat.e très motivé.e, engagé.e, et intéressé.e par la recherche interdisciplinaire.
Le sujet de thèse est destiné à des candidat.e.s ayant des connaissances et expériences en biologie moléculaire, génomique, biologie de l'évolution, génétique des populations, écologie et/ou bioinformatique. Un diplôme de Master 2 Recherche (M2R) / DEA français ou équivalent dans les domaines de recherche concernés est exigé (voir les équivalences sur le site de l'école doctorale : https://ed-bsb.univ-toulouse.fr/as/ed/page.pl?site=edbsb&page=equivalence).
Une expérience préalable en laboratoire de biologie moléculaire (ADN ancien) ou en analyses de données génomiques haut-débit sont un plus, de même que la maîtrise des langages R, Bash et/ou Python (Perl).
Le.a candidat.e doit parler couramment anglais, le laboratoire étant international.
Les aptitudes recherchées chez le.a candidat.e concernent autant la prise d'initiatives et le travail en autonomie, que la communication (écrite et orale) et le travail en équipe.
Il sera attendu du.de la futur.e doctorant.e qu'il.elle participe à la vie et aux activités de l'équipe et de l'unité, et communique sur ses travaux auprès des membres de CAGT, de la communauté scientifique et du grand public.

Informations complémentaires

Les candidatures doivent être déposées UNIQUEMENT sur le Portail Emploi CNRS.
Les candidat.e.s sont invité.e.s à transmettre:
- une lettre détaillant leurs travaux de recherches précédents ainsi que leur motivation pour le doctorat en général et le sujet proposé en particulier ;
- un curriculum vitae complet, avec description du dernier diplôme obtenu ou diplôme en cours ;
- les noms et coordonnées de 2 référent.e.s (superviseur.e de stage ou autre expérience professionnelle) ;
- les relevés de notes des deux dernières années universitaires ;
- une copie du dernier diplôme obtenu ;
- une liste de publications et/ou de participation à des séminaires, conférences et congrès scientifiques (facultative).

Pour toute information supplémentaire ou prise de contact informelle, merci de contacter Clio Der Sarkissian: clio.dersarkissian@univ-tlse3.fr (Site internet : https://cagt.cnrs.fr/der-sarkissian-clio/)

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