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Doctorat en biologie expérimentale et bioinformatique (H/F): La régénération repose-t-elle sur les réseaux de régulation du développement embryonnaire?

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : samedi 20 avril 2024

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Doctorat en biologie expérimentale et bioinformatique (H/F): La régénération repose-t-elle sur les réseaux de régulation du développement embryonnaire?
Référence : UMR5242-MICAVE-015
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : lundi 11 mars 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Rémunération brute de 2135 € mensuel
Section(s) CN : Biologie cellulaire, développement, évolution-développement, reproduction

Description du sujet de thèse

Un projet de doctorat est disponible à l'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), en France. Le but du projet est de construire et comparer les réseaux de régulation génique (GRN) qui contrôlent le développement et la régénération des pattes chez le modèle crustacé Parhyale hawaiensis. Notre équipe a mis au point des approches transgéniques, d'imagerie en direct et de génomique pour étudier la régénération des pattes chez Parhyale. Nous avons montré que la régénération produit des répliques fidèles des pattes originales, et pourtant les dynamiques transcriptionnelles et cellulaires associées au développement et à la régénération des pattes sont différentes. Ces résultats suggèrent que des mécanismes distincts peuvent mener à la formation de structures identiques. Pour étudier cette problématique, nous adoptons une approche "omique" à l'échelle de la cellule unique qui nous permettra de mettre en évidence les différences et similitudes des GRN sous-tendant le développement et la régénération des jambes.

Le projet comprend des travaux expérimentaux et informatiques, notamment la production de données scRNAseq et scATACseq à partir de pattes en développement et en régénération, le traitement informatique de ces données pour reconstruire et comparer les GRN, et la transgénèse pour valider les principaux nœuds des GRN in vivo.

Des informations complémentaires sont disponibles sur le lien suivant : https://www.averof-lab.org/pages/replay

Contexte de travail

L'étudiant recruté / étudiante recrutée rejoindra l'équipe Développement, Régénération et Evolution, à l'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (www.averof-lab.org), situé sur le campus de l'École Normale Supérieure de Lyon dans le sud de Lyon, en France. L'IGFL offre un environnement de travail stimulant axé sur les interfaces du développement animal, de la physiologie et de l'évolution. L'équipe de recherche est internationale et la langue de travail est l'anglais.

L'étudiant recruté / étudiante recrutée sera inscrit / inscrite en doctorat à l'École Normale Supérieure de Lyon, et sera co-supervisé / co-supervisée par Mathilde Paris et Michalis Averof. Il/elle recevra une formation en génomique unicellulaire (scRNAseq et scATACseq), en bioinformatique incluant la manipulation et l'analyse de jeux de données unicellulaires et la modélisation des GRNs, ainsi qu'en transgénèse et en imagerie en direct.

Le projet comprend une collaboration avec Arnau Sebe Pedros au Centre de Régulation Génomique (CRG) à Barcelone. Le projet est financé par la subvention ANR Replay.

Contraintes et risques

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