Doctorat en Biologie (H/F) : Mécanismes d'adaptation en environnement fluctuant

Description du Poste

Sujet De Thèse

Les systèmes biologiques sont le produit de l’évolution dans un monde en perpétuel changement. Comprendre et prédire comment la dynamique environnementale influence l’évolution de différentes stratégies adaptatives est donc essentiel pour expliquer la complexité du vivant. En théorie, un système biologique peut s’adapter à des conditions environnementales fluctuantes soit par l’évolution de variations phénotypiques stochastiques (le « bruit »), soit par l’évolution de variations phénotypiques régulées (la « plasticité »).
Le premier objectif de ce projet est de déterminer comment l’évolution de ces deux stratégies adaptatives dépend 1) de la fréquence à laquelle elles sont générées par des mutations aléatoires et 2) de l’avantage sélectif procuré par chaque stratégie sous différents régimes de fluctuations environnementales. Pour répondre à cette question fondamentale, un système expérimental puissant centré autour de la levure de boulanger Saccharomyces cerevisiae sera mis en oeuvre. Des outils génétiques innovants seront utilisés afin de manipuler indépendamment l’évolvabilité du système et le régime de sélection, permettant ainsi de mesurer comment ces deux paramètres contribuent à l’évolution du bruit et de la plasticité d’expression d’un gène de levure. Une approche à l’échelle du transcriptome basée sur le séquençage d’ARN de micro-colonies, actuellement en cours de développement dans l’équipe, pourra également être envisagée.
Le deuxième objectif est d’explorer la diversité des mécanismes génétiques impliqués dans l’évolution de l’expression génique en environnement fluctuant. Pour cela, une soixantaine de mutations adaptatives affectant le bruit ou la plasticité d’expression d’un ou plusieurs gènes seront identifiées par une approche de cartographie génétique à haut débit. Nous étudierons ensuite si ces mutations partagent certaines propriétés, comme par exemple leur position dans les réseaux de régulation ou leur localisation dans les régions codantes et non-codantes du génome. Ces analyses permettront de prédire quels mécanismes génétiques, moléculaires et cellulaires contribuent à l’adaptation aux fluctuations de l’environnement.
Ce travail offrira l’opportunité de développer à la fois des compétences de biologie expérimentale (biologie moléculaire, cytométrie en flux, génétique de la levure) et d’analyse quantitative et statistique de données.

Votre Environnement de Travail

Vous serez encadré(e) par Fabien Duveau au Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (LBMC) de l’ENS de Lyon. Vous intégrerez l’équipe GECO « Complexité génétique des systèmes vivants » qui est co-dirigée par F. Duveau et G. Yvert (https://www.ens-lyon.fr/LBMC/gisv/index.php/fr/). Le LBMC est une institution de recherche de pointe dédiée à l'étude des mécanismes fondamentaux de la vie cellulaire. Le laboratoire combine des approches expérimentales en biologie moléculaire, cellulaire et génétique avec des méthodes de modélisation mathématique et informatique pour comprendre les processus complexes qui régulent le fonctionnement des cellules. Vous bénéficierez ainsi dans votre environnement de travail d'expertises interdisciplinaires, notamment via le hub bioinformatique du LBMC, ainsi que de l’accès aux plateformes de cytométrie en flux et d’imagerie de la SFR Biosciences et de séquençage de l’IGFL. L’équipe GECO se compose actuellement de deux chercheurs statutaires, une ingénieure d’étude permanente, trois ingénieurs de recherche (avec des profils plus ou moins spécialisés en bioinformatique ou biologie moléculaire), un doctorant et une stagiaire en dernière année d’école d’ingénieur. Vous pourrez également profiter de la vie étudiante active du LBMC organisée autour du comité étudiant qui propose des séminaires, divers évènements et un soutien à différentes étapes d’une thèse.

Rémunération et avantages

Rémunération

La rémunération est de 2300,00 € brut mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

Le CNRS

Les métiers de la recherche