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doctorant en microbiologie evolutive (H/F) - M/F

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Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR5175-STEBED-002
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : lundi 7 septembre 2020
Nom du responsable scientifique : Stéphanie Bedhomme
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 janvier 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Le code génétique étant redondant, la majorité des acides aminés sont codés par plus d'un codon. La fréquence d'usage n'est pas égale pour tous les codons d'une famille de codons synonymes et ces préférences d'usage varient fortement d'une espèce bactérienne à l'autre. Il a été montré que ces préférences reflètent une coadaptation avec la machinerie de traduction de l'espèce. Lors d'un transfert horizontal, un gène passe d'un environnement génomique à un autre et cela peut conduire à une rupture de la coadaptation entre les préférences d'usage des codons du gène et la machinerie de transcription, avec des conséquences pour l'expression du gène transféré et pour la fitness de l'organisme receveur.
Le but de cette thèse est d'utiliser des approches de microbiologie expérimentale et en particulier d'évolution expérimentale pour étudier les conséquences immédiates et évolutives de transferts horizontaux entre génomes ayant des préférences d'usage de codons différentes. Le projet portera plus spécifiquement sur le transfert horizontal de gènes de résistance aux antibiotiques et se déclinera en une partie de caractérisation phénotypique de différentes espèces bactériennes dans lesquelles on introduira sur un plasmide ou dans le chromosome une collection de versions synonymes d'un gène de résistance. Une partie de la collection obtenue sera ensuite évoluée expérimentalement en présence et en absence d'antibiotique afin d'étudier l'évolution post-transfert du gène transféré et du génome receveur.

Contexte de travail

Le/la doctorant(e) réalisera son travail de doctorat au sein de l'équipe « Génétique et Ecologie Evolutive », dans le département « Ecologie Evolutive et Comportement » au Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive. Cette grande équipe d'une trentaine de personnes, dont 12 chercheurs, est un environnement scientifiquement riche et dynamique où sont développées des recherches sur des questions allant de la génomique des populations à l'écologie des communautés et de la plasticité phénotypique à la spéciation.

Le travail de doctorat sera réalisé dans le contexte du projet ERC HGTCODONUSE dont le but est d'étudier les facteurs qui déterminent la direction et la fréquence des transferts horizontaux. En particulier, par des approches expérimentales et comparatives, nous nous intéressons à l'impact de la différence d'usage des codons entre génomes donneur et receveur d'un transfert sur le succès de ce transfert et les mécanismes évolutifs post-transfert.

Au cours des trois années de doctorat, le/la doctorant(e) interagira avec:
- La directrice de thèse
- Le post-doctorant et la doctorante qui travaillent sur le projet HGTCODONUSE
- Le personnel de la plateforme GEMEX au sein de laquelle les approches expérimentales seront réalisées.
- Les doctorants et tout le personnel de l'équipe GEE.

Le/la doctorant(e) aura une réunion hebdomadaire avec la directrice de thèse ou les membres du projet HGTCODONUSE et sera vivement encouragé(e) à assister aux séminaires de l'équipe GEE et aux séminaires d'écologie et d'évolution de Montpellier.

Contraintes et risques

Le travail expérimental prévu se déroulera dans un laboratoire de niveau de biosécurité L2 dans le respect des règles de sécurité et de bonnes pratiques de laboratoire qui correspondent à cet équipement.
Le travail expérimental prévu nécessitera de venir ponctuellement le week-end, en particulier pour les approches d'évolution expérimentale.

Informations complémentaires

Les candidats devront être titulaires d'un M2 ou équivalent en biologie moléculaire ou en biologie évolutive et posséder à la fois des connaissances techniques en biologie moléculaire et un fort intérêt pour les questions évolutives.

Pour candidater, merci de fournir une lettre de motivation, un CV et les coordonnées de deux personnes à contacter pour recommandation.

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