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Thèse en écologie fonctionnelle et évolutive (H/F)

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Informations générales

Référence : UMR5175-CYRVIO-003
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : vendredi 23 août 2019
Nom du responsable scientifique : Cyrille Violle et François Vasseur
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Contraintes fonctionnelles sur l'adaptation des plantes : évaluation expérimentale chez Arabidopsis thaliana

L'évolution expérimentale combinée aux outils modernes de la génomique offre une excellente opportunité pour examiner les dynamiques évolutives en temps réel, ainsi que pour tester la validité de certaines hypothèses majeures de l'écologie. Par exemple, un paradigme de l'écologie fonctionnelle est que les plantes ne peuvent pas simultanément être efficaces dans différentes tâches, comme acquérir et conserver les ressources, ou être à la fois compétitives et tolérantes au stress. Ces contraintes sont reflétées par des compromis fonctionnels observés à de grandes échelles taxonomiques. Cependant, le rôle de ces compromis sur l'adaptation rapide et la différenciation des populations au sein des espèces reste à élucider. Le projet "AraBreed", mené par Cyrille Violle vise à explorer l'évolution des compromis fonctionnels dans des environnements contrastés. Dans le cadre du projet AraBreed, le doctorant suivra l'évolution de la plante modèle Arabidopsis thaliana sur plusieurs générations dans quatre milieux, qui diffèrent par la disponibilité des ressources (nutriments et eau) et l'abondance des herbivores. Chaque population expérimentale se compose de 17 500 lignées recombinantes, précédemment générées à partir de 350 croisements aléatoires entre 400 accessions naturelles et entièrement séquencées. Ceci a l'avantage de briser les complexes génétiques ancestraux et de recréer des phénotypes que l'on croit éliminés par la sélection naturelle. Les populations expérimentales sont reproduites sept fois par environnement (28 populations pour 500 000 génotypes au total). Le projet a commencé en 2017. Par conséquent, le/la candidat(e) commencera à la troisième génération d'évolution. Chaque année (génération), de multiples échantillons seront prélevés pour effectuer une analyse génétique des populations en cours d'évolution, et les caractères phénotypiques impliqués dans les principaux compromis fonctionnels seront mesurés. Au cours de son doctorat, le/la candidat(e) évaluera l'évolution des traits fonctionnels et des compromis et étudiera les changements alléliques sous-jacents par analyse génomique.

Contexte de travail

Une thèse de trois ans à l'interface de l'écologie fonctionnelle et évolutive est disponible au Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE, CNRS, Montpellier, France; https://www.cefe.cnrs.fr/fr/). Le CEFE est actuellement le plus grand centre de recherche français en écologie et évolution. La thèse sera encadrée par Cyrille Violle et Francois Vasseur (CEFE), en étroite collaboration avec Denis Vile (INRA Montpellier, France) et Niek Scheepens (Université de Tübingen, Germany). Des séjours à Tübingen sont prévus pour réaliser une partie des expérimentations et des analyses.

Contraintes et risques

NA

Informations complémentaires

Thèse financé par le projet ANR ARABREED

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