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Portail > Offres > Offre UPR9002-ROLMAR-003 - Ingénieur d'étude H/F en biologie de l'ARN

Ingénieur d'étude H/F en biologie de l'ARN


Date Limite Candidature : jeudi 3 juin 2021

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Informations générales

Référence : UPR9002-ROLMAR-003
Lieu de travail : STRASBOURG
Date de publication : jeudi 22 avril 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 juin 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2109 et 2228 € brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

L'ingénieur-e sera chargé-e de l'étude de la structure des huit segments d'ARN qui constituent le génome de virus influenza A sauvage et de mutants dont l'empaquetage du génome est affecté, directement dans les particules virales natives et dans des particules virales désassemblées. Cette étude sera réalisée par cartographie de l'ARN par divers réactifs chimiques ('probing'), combinée au séquençage à haut débit pour l'identification des positions de l'ARN modifiées.

Activités

L'ingénieur-e aura la responsabilité de :

-Modifier l'ARN viral dans des particules virales natives ou désassemblées produites par un partenaire allemand

-Générer les cDNA à partir des ARN modifiés en utilisant des conditions de réverse transcription qui introduisent des mutations en face des nucléotides modifiés de l'ARN

- A partir de ces cDNA, générer et caractériser des banques d'ADN en vue de leur séquençage sur une plateforme Illumina (ligation d'amorce, introduction d'index et d'adaptateurs, amplifications par PCR

-Tenir à jour un cahier de laboratoire décrivant de manière claire, précise, détaillée et extensive le travail réalisé

Outre ces tâches principales, il/elle devra également :

- Veiller à la sauvegarde de ses données

- Gérer les échanges de contacts, matériel et résultats avec la plateforme de séquençage

- Collaborer avec les personnes en charge de l'analyse bioinformatique des résultats

- Présenter ses résultats lors des réunions de travail internes et avec les collaborateurs impliqués dans le projet (en anglais)

Compétences

L'ingénieur-e devra :

- Posséder une très bonne connaissance pratique des techniques de biologie moléculaire impliquant les acides nucléiques telles que : phosphorylation et déphosphorylation, ligation, réverse transcription, amplification par PCR, électrophorèse sur gels d'agarose ou de polyacrylamide, quantification par absorbance UV, etc.

- Etre capable de tenir à jour un cahier de laboratoire de manière irréprochable

- Maîtriser les concepts de l'analyse structurale des ARN par cartographie en solution

- Maîtriser de manière détaillée les principes du séquençage sur les plateformes Illumina

- Faire preuve de motivation, d'organisation, de rigueur, d'esprit critique et analytique, et de capacités d'adaptation.

- Etre capable de communiquer et travailler de manière professionnelle avec l'ensemble des personnes impliquées dans le projet, en français et en anglais.

Une expérience pratique dans la préparation des banques pour séquençage à haut débit et/ou dans la cartographie de l'ARN ('probing') sera un atout très important, primant sur les diplômes.

Contexte de travail

Les missions de l'ingénieur-e s'inscrivent dans le cadre du projet de recherche collaborative internationale FluCode co-financé par l'ANR et la DFG. La personne recrutée effectuera l'essentiel de son travail dans l'équipe « Ribonucléoprotéines virales, incorporation du génome et assemblage » codirigée par R. Marquet et J.-C. Paillart au sein de l'UPR9002 du CNRS 'ARN', localisée à l'Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (l'IBMC) à Strasbourg. L'équipe et l'Unité ARN sont reconnues aux niveaux national et international, respectivement pour leurs travaux sur l'incorporation du génome des rétrovirus et des virus influenza, et pour la biologie de l'ARN de manière générale ; l'IBMC offre un cadre de travail idéal à proximité du centre de Strasbourg.

En fonction des disponibilités de la personne recrutée, le contrat pourra débuter entre le 1er juin et le 1er juillet 2021. Les candidat-e-s possèderont un diplôme de Master dans un domaine en relation avec le projet et une expérience ne dépassant pas 5 ans.

Contraintes et risques

L'ingénieur-e sera amené-e à effectuer de courtes missions dans l'équipe partenaire du Prof. Martin Schwemmle à Freiburg (Allemagne). Il/elle sera aussi amené-e à manipuler des quantités limitées de radioactivité (32P).

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