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Portail > Offres > Offre UPR8001-JUACOR-007 - Postdoc (H/F) en design computationnel de protéines

Postdoc (H/F) en design computationnel de protéines

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 5 septembre 2022

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Informations générales

Référence : UPR8001-JUACOR-007
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : lundi 25 juillet 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2757€ et 3915€ bruts mesuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le design computationnel de protéines (CPD, acronyme du terme an anglais Computational Protein Design) est un problème difficile visant à déterminer la séquence d'acides aminés qui se replie dans une structure donnée et présente une fonction ciblée (catalyse, signalisation, reconnaissance, inhibition, …). Le CPD permet l'exploration d'une grande diversité de séquences protéiques, bien au-delà de celle explorée par l'évolution naturelle ou par les approches expérimentales actuellement appliquées en ingénierie des protéines (i.e., l'évolution dirigée). Les applications du CPD dans les biotechnologies sont d'un grand intérêt, ce qui explique la croissance rapide de ce domaine au cours de la dernière décennie.
Ces dernières années, les chercheurs de trois laboratoires situés à Toulouse - LAAS, TBI et MIAT - ont collaboré au développement de méthodes avancées de CPD, basées sur une combinaison d'algorithmes d'IA et inspirés de la robotique ainsi que sur la modélisation moléculaire. Nos outils ont déjà montré leurs capacités sur plusieurs preuves de concept, conduisant à des enzymes améliorées, de nouveaux échafaudages de nano-anticorps pour le diagnostic ainsi que des protéines auto-assemblées. Néanmoins, comme toutes les méthodes de CPD actuelles, elles sont limitées dans leur capacité à traiter la flexibilité des protéines, qui est essentielle pour de nombreuses fonctions.
Notre objectif est d'étendre notre technologie de CPD pour prendre en compte la flexibilité du squelette protéique. Dans le cadre de cette offre d'emploi, nous nous concentrerons sur les régions déterminant la complémentarité (CDR) des nano-anticorps (i.e., des anticorps à domaine unique), qui impliquent des boucles flexibles. Les nano-anticorps optimisés, à spécificité et affinité renforcées, sont au cœur de nouvelles approches thérapeutiques, notamment pour lutter contre les cancers. Ce projet a été primé par l'un des leaders mondiaux de l'industrie pharmaceutique, soulignant le grand intérêt de notre technologie.

Activités

- Conception, implémentation et évaluation d'algorithmes d'échantillonnage et d'optimisation pour le design computationnel de protéines.
- Participation à l'encadrement de doctorants et stagiaires.
- Rédactions de rapports de recherche et articles scientifiques.

Compétences

Nous recherchons une personne dynamique, idéalement avec un doctorat, motivée par le développement de méthodes devant contribuer à répondre aux grands enjeux du monde de demain. Nous avons besoin de quelqu'un qui connaît la bioinformatique structurale et maîtrise le développement C++ et Python. La connaissance des principes et des outils d'apprentissage automatique et profond serait un plus.

Contexte de travail

Le travail se déroulera dans l'équipe RIS du LAAS-CNRS, dans la cadre d'une collaboration avec deux autres laboratoires publics à Toulouse (MIAT-INRAE, TBI-INSA) et un laboratoire pharmaceutique.
La durée initiale de 12 mois pourrait être prolongée dans le cadre d'autres projets.
Ce poste pourrait servir de tremplin pour postuler à un poste permanent.

Contraintes et risques

N.A.

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