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Ingénieur-e d'études en analyse de données biologiques et développements informatiques h/F


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Informations générales

Référence : UMS3426-EDIDEM0-011
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : vendredi 6 septembre 2019
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2290 et 2400 € brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+3
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

L'ingénieur-e sera recruté au sein de la plateforme Montpellier Ressources en Imagerie - MRI de BioCampus Montpellier (https://www.biocampus.cnrs.fr/index.php/fr/plateforme-biocampus/plateformes-technologiques/174-mri).

Il/Elle travaillera sur un projet de développement technologique d'analyse d'image en étroite collaboration avec l'équipe de recherche sur le développement des tuniciers du Centre de Recherche en Biologie cellulaire de Montpellier - CRBM ( http://www.crbm.cnrs.fr/en/team/lemaire/).

Missions :

- Développer l'ergonomie et l'interface homme-machine d'ASTEC pour rendre ce système le plus convivial possible pour des utilisateurs biologistes, et participer à son déploiement sur la plateforme d'imagerie montpelliéraine MRI.
- Mettre en œuvre ces outils pour analyser des données d'imagerie fournies par les biologistes de l'équipe. Conduire sur ces données des analyses statistiques de la morphologie embryonnaire (reproductibilité entre individus et espèces, analyse phénotypique…).
- Participer à l'amélioration des performances d'ASTEC en définissant ses limites d'utilisation et les paramètres d'imagerie les plus importants pour le succès de la procédure de segmentation et de traçage des lignages cellulaires.
- Mettre en place et maintenir un site web présentant le système et sa documentation à la communauté scientifique.

Activités

- Utilisation d'ASTEC et Morphonet pour l'analyse d'images 3D+t acquises par les scientifiques.
- Mise en place d'un système d'organisation des données produites (exemple : base de données OMERO).
- Développement de code informatique pour l'amélioration de l'interface homme machine et pour l'analyse statistique des données extraites de ces images.
- Formation des nouveaux membres de l'équipe à l'utilisation des outils de reconstruction.
- Interactions fréquentes avec les équipes informatiques collaboratrices pour l'amélioration du système via les retours utilisateurs.
- Mise en place et maintenance d'un site web.
- Veille technologique sur les solutions de segmentation et de traçage de lignage pour la biologie (exemple : apprentissage profond).
- Participation à la mise à jour de la documentation d'ASTEC et à la rédaction d'articles de recherche.

Compétences

- Niveau bac + 3 en informatique, bioinformatique, mathématiques appliquées, analyse d'images ou physique.
- Maitrise de Python
- Connaissances en statistiques.
- Intérêt pour l'analyse d'images biologiques
- Des connaissances ou une formation en biologie seraient un plus.
- Niveau suffisant en anglais écrit/parlé pour interagir quotidiennement avec des scientifiques non francophones.

Contexte de travail

BioCampus Montpellier (www.biocampus.cnrs.fr) est une unité mixte de service regroupant 13 plateformes technologiques en sciences du vivant. L'unité comprend 54 agents qui lui sont directement affectés mais 220 personnes au total travaillent sur les plateformes technologiques de BioCampus. MRI - Montpellier Ressources en Imagerie est l'une des plateformes de BioCampus.

L'équipe de recherche sur le développement des tuniciers du CRBM étudie la morphogenèse embryonnaire des ascidies en combinant des approches moléculaires et d'imagerie 3D+temps d'embryons vivants. L'équipe a développé, en collaboration avec des équipes d'informaticiens de l'INRIA et du CNRS, une librairie de logiciels pour systématiquement détecter et segmenter en 3D les cellules embryonnaires (ASTEC) et pour visualiser et expertiser ces données en ligne (http://www.morphonet.org/).

La personne recrutée travaillera principalement avec l'équipe de recherche constituée de biologistes et d'informaticiens et avec le personnel de la plateforme MRI. Il/Elle aura aussi de nombreuses interactions avec les équipe collaboratrices du projet : les équipes informatiques Morphème (INRIA, Sophia Antipolis), Mosaic (INRIA, Lyon) et ICAR (CNRS, LIRMM, Montpellier).

Les images analysées sont issues d'un microscope à feuille de lumière présent sur la plateforme MRI au CRBM.

L'ingénieur-e travaillera sous la direction du responsable scientifique de la plateforme MRI.

Contraintes et risques

Travail principalement devant écran d'ordinateur.

Informations complémentaires

Dépôt des candidatures avant le vendredi 27 septembre 17h.

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