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Ingénieur-e de recherche en cryo-microscopie électronique appliquée à la biologie structurale (H/F)


Date Limite Candidature : mardi 3 novembre 2020

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Informations générales

Référence : UMS3033-SYLDJI-002
Lieu de travail : PESSAC,PESSAC
Date de publication : mardi 22 septembre 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 8 mois
Date d'embauche prévue : 16 novembre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2437 et 2616€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

L'ingénieur-e développera et mettra en œuvre les équipements de la plateforme de cryo-microscopie électronique de l'IECB. L'ingénieur-e de recherche mènera des développements notamment pour la préparation d'échantillons et l'enregistrement des données dans le cadre d'études par cryo-microscopie électronique (cryo-ME).

Activités

- Coordonner et mettre en place l'utilisation des nouvelles techniques de cryo-microscopie électronique (cryo-ME)
- Exploiter et développer les ressources d'un parc de cryo-microscope électronique à haute résolution dédié à l'imagerie moléculaire.
- Optimiser les conditions expérimentales (criblage cryo-ME d'échantillons, optimisation haute résolution du microscope)
- Mener des développements technologiques (porte-échantillons cryo, microscopie corrélative etc.) et mettre en place des procédures facilitant le suivi et la standardisation des expériences
- Assurer une veille technologique et scientifique dans le domaine de la cryo microscopie électronique pour les applications en biologie (molécules isolées, cryo-tomographie électronique)
- Conseiller les utilisateurs sur les approches méthodologiques, les méthodes de préparation des échantillons et les méthodes d'analyses d'images/reconstruction 3D/affinement de structures en cryo-ME
- Encadrer et former les utilisateurs à l'usage des instruments et rédiger des notes techniques
- Accueillir les utilisateurs externes, les former, enregistrer des données pour leurs projets, et rédiger les rapports d'expériences
- Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, brevets, publications, présentations orales, enseignement
- Participer à la mise en place des actions de formation et les animer (atelier de formation, formations permanentes)

Compétences

- Connaître les approches d'imagerie par microscopie électronique (analyse de particules isolées de complexes purifiés hydratés-congelés, visualisation, collecte d'images, tomographie) et des méthodes cryo associées telles que la préparation des échantillons par techniques conventionnelles par coloration négative et cryo-méthodes (congélation rapide, cryo-transfert d'échantillon)
- Être autonome et opérationnel en mode expert pour l'opération des cryo microscopes électroniques à haute résolution y compris avoir pratiqué un ou des logiciels d'acquisition d'images pour l'étude de particules isolées ou par tomographie électronique (exemples : EPU de TFS, Digital micrograph, SerialEM etc.)
- Connaître les aspects théoriques et pratiques du traitement d'images et reconstruction 3D y compris connaître le traitement des données et avoir des connaissances en informatique et programmation (exemples : cisTEM, IMAGIC, Relion, EMAN, cryoSPARC, type de langages tel que python, matlab etc... y compris connaissances de programmation en bioinformatique, Java, JavaScript, Jmol etc...)
- Avoir des notions de base sur les différentes techniques utilisées en Biologie Structurale
- Maîtriser l'anglais scientifique de niveau C1 selon le cadre européen commun de référence pour les langues
- Gestion de projets différents en parallèle et gestion des priorités et imprévus afin de respecter les délais
- Travail en équipe et en interaction avec des publics interdisciplinaires : biologistes s'intéressant à des thématiques variées et avec des bio-informaticiens notamment, pour transmettre ses connaissances
- Explorer de nouvelles approches
- Avoir des notions sur les modes de fonctionnement des plateformes de recherche en sciences du vivant certifiée ISO9001 – NF X50-900.

Contexte de travail

La personne recrutée travaillera à l'Institut Européen de Chimie et Biologie (IECB - https://www.iecb.u-bordeaux.fr/) et plus particulièrement sur la plateforme IBiSA de Biophysico-chimie Structurale au sein de l'UMS3033. La plateforme regroupe en un même site les différentes techniques complémentaires que sont la production/purification de protéines recombinantes, la RMN des liquides et des solides, la cristallographie, la spectrométrie de masse native, la résonance plasmonique de surface et la microscopie et cryomicroscopie électronique. La plateforme s'appuie localement sur des expertises fortes dans les domaines des biomembranes, des assemblages supramoléculaires biomimétiques (foldamères), des nano-machines et de l'expression des gènes. Au sein de la plateforme sous l'autorité directe du responsable scientifique, l'ingénieur-e gère son service de manière autonome et interagit avec les chercheurs ingénieurs et techniciens de l'institut ; il/elle pourra encadrer dans le futur des ingénieur-e-s d'étude ou techniciens.

Contraintes et risques

L'ingénieur-e travaillera en horaire de journée en semaine et pourra être amené à intervenir le week-end donc parfois en conditions de travailleur isolé.

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