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Stage postdoctoral de 3 ans sur les activateurs de Xer encodés par les phages (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 6 novembre 2020

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Informations générales

Référence : UMR9198-FRABAR-005
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE,GIF SUR YVETTE
Date de publication : vendredi 16 octobre 2020
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 36 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2 728 and 3 145 € selon l'expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Les chromosomes bactériens sont généralement circulaires. La circularité de l'ADN peut entraîner la formation de dimères de chromosomes, qui entravent physiquement la séparation de l'information génétique lors de la division cellulaire. Les bactéries ont développé un mécanisme de recombinaison (Xer) hautement conservé pour résoudre les dimères de chromosomes par l'ajout d'un crossover au niveau d'un site unique spécifique de leurs chromosomes circulaires, dif (1). De nombreux éléments mobiles exploitent la machinerie Xer pour s'intégrer dans le site dif de l'un des chromosomes de leur hôte (1). Les éléments mobiles intégratifs exploitant Xer (IMEX) sont souvent associés à la pathogénicité. Un exemple saillant est fourni par l'évolution de l'agent du choléra, Vibrio cholerae. La diarrhée qui est responsable de la propagation épidémique et du taux de mortalité élevé associés au choléra est codée dans le génome d'un IMEX, le phage de la toxine du choléra (CTX,2-4). Les interactions entre CTX et plusieurs autres IMEX participent à l'émergence constante et rapide de nouvelles souches épidémiques de choléra (5,6). La plus importante d'entre elles est un phage satellite, TLC, dont l'intégration semble être une condition préalable à l'intégration de CTX (7).
La machinerie Xer est constitué de deux recombinases à tyrosine, XerC et XerD, qui lient chacune un bras de dif et catalysent chacune une paire spécifique d'échanges de brins. La résolution des dimères de chromosomes est sous le contrôle d'une protéine de division cellulaire membranaire, FtsK, qui active l'activité catalytique de XerD par un contact direct. Les plasmides et IMEX ont développé différents mécanismes pour échapper au contrôle de FtsK (1). Dans la plupart des cas, ils s'appuient sur l'activité basal de XerC (1-3,5,8). Nous avons montré que ce n'est pas le cas pour TLC (6) et avons identifié un facteur d'activation de XerD dans son génome XafT (9).
XafT est une petite protéine cytoplasmique sans séquence ni similarités structurelles avec FtsK. Des travaux récents du laboratoire indiquent que XafT est non seulement un puissant activateur de XerD, mais permet également de recombiner dif avec des sites dépourvus d'un bras de liaison pour XerD. L'objectif du travail proposé est d'approfondir notre compréhension des mécanismes d'action de XafT par une approche combinant biologie moléculaire, génétique, biochimie et analyse de molécules isolées. Une tâche connexe consistera à étudier comment les différents IMEX de V. cholerae interagissent entre eux et comment leurs interactions contribuent à la dissémination des gènes de la toxine du choléra dans l'environnement.
Réérences:
1. Midonet, C. & Barre, F.-X. Xer Site-Specific Recombination: Promoting Vertical and Horizontal Transmission of Genetic Information. Microbiol. Spectr. 2, (2014).
2. Val, M.-E. et al. The Single-Stranded Genome of Phage CTX Is the Form Used for Integration into the Genome of Vibrio cholerae. Mol. Cell 19, 559–566 (2005).
3. Das, B., Bischerour, J., Val, M.-E. & Barre, F.-X. Molecular keys of the tropism of integration of the cholera toxin phage. Proc. Natl. Acad. Sci. 107, 4377–4382 (2010).
4. Martínez, E., Paly, E. & Barre, F.-X. CTXφ Replication Depends on the Histone-Like HU Protein and the UvrD Helicase. PLoS Genet 11, e1005256 (2015).
5. Das, B., Bischerour, J. & Barre, F.-X. VGJɸ integration and excision mechanisms contribute to the genetic diversity of Vibrio cholerae epidemic strains. Proc. Natl. Acad. Sci. 108, 2516–2521 (2011).
6. Midonet, C., Das, B., Paly, E. & Barre, F.-X. XerD-mediated FtsK-independent integration of TLCϕ into the Vibrio cholerae genome. Proc. Natl. Acad. Sci. 111, 16848–53 (2014).
7. Hassan, F., Kamruzzaman, M., Mekalanos, J. J. & Faruque, S. M. Satellite phage TLCphi enables toxigenic conversion by CTX phage through dif site alteration. Nature 467, 982–5 (2010).
8. Bischerour, J., Spangenberg, C. & Barre, F.-X. Holliday junction affinity of the base excision repair factor Endo III contributes to cholera toxin phage integration. EMBO J. 31, 3757–3767 (2012).
9. Midonet, C., Miele, S., Paly, E., Guerois, R. & Barre, F.-X. The TLCΦ satellite phage harbors a Xer recombination activation factor. Proc. Natl. Acad. Sci. 116, 18391–18396 (2019).

Activités

-biologie moléculaire
-génétique
-biochimie

Compétences

Le candidat idéal doit avoir une solide expérience en biochimie et de bonnes connaissances en génétique moléculaire.

Contexte de travail

L'équipe est hébergée dans le département de biologie génomique de l'Institut de biologie intégrative de la cellule (I2BC), qui offre un environnement de recherche très stimulant. L'institut est situé à Gif sur Yvette, un agréable village dans la banlieue sud de Paris.

Contraintes et risques

Vibrio cholerae est un pathogène de classe 2

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