CDD ingénieur d'études en biologie H/F

Description du Poste

Les Missions

Face à l’urgence du besoin en nouveaux antibiotiques, la biologie synthétique ouvre des perspectives inédites en permettant la production de composés rares ou difficiles à isoler à partir de sources naturelles. Le but du projet collaboratif est de mettre en place un cadre méthodologique pour l’intégration et l’ingénierie optimisée des clusters de gènes de biosynthèse de métabolites spécialisés (SMBGCs) dans un panel de Streptomyces super-hôtes, châssis de choix pour la biotechnologie et la découverte de médicaments.
La mission principale vise à caractériser l'expression génique en fonction de la localisation spatiale des gènes dans un panel de Streptomyces. La personne recrutée devra mettre en œuvre les tâches liées au clonage et à l’analyse de l’expression génique le long du chromosome à l’aide d’un système rapporteur synthétique (clonage de la collection de vecteurs munis de codes-barres, transfert de ces vecteurs dans Escherichia coli et Streptomyces, cultures bactériennes, extraction d’ADN et d’ARN). La personne recrutée pourra être amenée à réaliser des expériences complémentaires d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) ou de capture de la conformation du chromosome (Hi-C, Micro-C) visant à élucider les mécanismes moléculaires impliqués dans l’expression différentielle des gènes le long du génome compartimenté des Streptomyces.
Ce travail sera réalisé en interaction avec les plateformes de l’I2BC. La personne pourra être sollicitée pour encadrer et former du personnel de l’I2BC ou des collaborateurs.

L'Activité

Activités principales
• Choisir, développer et adapter les protocoles de culture de Streptomyces pour la préparation et l’analyse des échantillons biologiques dans le cadre de techniques de génomique (RNA-seq, MFA, technologies 3C, ChIP-seq)
• Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, un ensemble de techniques de biologie moléculaire (clonages, électrophorèse, PCR, purification d’acides nucléiques, réalisation de banques pour le séquençage et du contrôle qualité associé).
• Exploiter et présenter les résultats des analyses relevant du champ de compétences de la personne recrutée (l’analyse bioinformatique détaillée des résultats étant assurée par la responsable scientifique du projet), en garantir le suivi et la qualité.
• Rédiger des rapports d’expériences ou d’études, des notes techniques, des protocoles
• Gérer et organiser les moyens techniques dans le cadre d’un projet scientifique
• Assurer l’application des principes et des règles d’hygiène et de sécurité
• Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications

Activités secondaires
• Mettre en place et surveiller l'application des règles d'hygiène et sécurité. Former les nouveaux arrivants dans les équipes à ces règles.
• Contribuer à la formation des étudiants sur les techniques de bases en biologie moléculaire, génomique, microbiologie et biologie cellulaire

Votre Profil

Compétences

- Solides compétences en biologie moléculaire (PCR, clonage) et en culture microbienne.
- Maîtrise de techniques de génomique fonctionnelle (ChIP-seq, Hi-C/micro-C, RNA-seq, et/ou MFA).
- Concevoir des dispositifs expérimentaux
- Conduire un processus d'achat
- Connaissance de la réglementation en matière d'hygiène et de sécurité
- Connaissance du cadre légal et déontologique
- Maîtrise de la langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Des connaissances de bases d’outils bio-informatiques et de méthodes statistiques nécessaires à l'analyse des données constituent un atout.
- Qualités requises : dynamisme, rigueur, sens de l'organisation, autonomie, savoir-être en milieu professionnel et esprit d'équipe.

Votre Environnement de Travail

L'ingénieur.e d'études (IE) aura l'opportunité de rejoindre une équipe récemment créée travaillant sur l'organisation spatiale et fonctionnelle du génome bactérien, l’équipe « SOFUN » (https://www.i2bc.paris-saclay.fr/page-equipe-bml/), rattachée au département de « Biologie des Génomes » de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC). L'I2BC (https://www.i2bc.paris-saclay.fr/) est une unité mixte de recherche (UMR) du CNRS, du CEA et de l'Université Paris-Saclay, située sur le campus de recherche de Gif-sur-Yvette. L'institut regroupe près de 600 personnes réparties au sein de 4 équipes de recherche et de 17 plateformes technologiques de haut niveau.
La personne recrutée exercera ses fonctions sous la responsabilité de la coordinatrice du projet et en étroite collaboration avec les membres des équipes de recherche partenaires. Elle bénéficiera également des interactions avec les autres membres de l'équipe. Tous les équipements nécessaires à la réalisation du projet, ainsi que l'accès aux plateformes de séquençage de pointe, sont disponibles au sein de l'institut d'accueil.

Contraintes et risques

Manipulations de produits chimiques (formaldéhyde, phénol) dans le cadre de la mise en oeuvre des expériences de génomique

Rémunération et avantages

Rémunération

Salaire brut mensuel entre 2571,89€ et 2965,76€ selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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Les métiers de la recherche