Missions

Implémenter des outils matériels, informatiques et analytiques pour l'acquisition et l'exploitation de données dans le cadre d'un projet de recherches en Neurosciences sur le contrôle nerveux des mouvements, chez la souris.

Activités

- Optimiser et ajouter de nouvelles fonctionnalités, en concertation avec les expérimentateurs, au pipeline existant d’analyse d’images histologiques, permettant d'identifier les objets d'intérêt (cellules ou process neuronaux) et de les cartographier dans un cerveau de référence, basé sur des logiciels libres et des scripts développés au laboratoire.
- Participer à l'implémentation, et assurer la maintenance et le dépannage, d'outils d'acquisition de différents types de signaux dans le laboratoire à l’aide d’un logiciel de programmation réactive visuelle (Bonsai).
- Mettre en place des boucles fermées pour le pilotage de certains instruments de mesure
- Exploiter, en aval du travail expérimental, des données issues de suivi des mouvements de l'animal par suivi vidéo par Deep Learning, ou par Motion Capture, pour en extraire des métriques pertinentes à la locomotion.
- Procéder à des classifications supervisées et non-supervisées des différents types de comportements exprimés par l'animal.
- Assurer un support à l’équipe en bio-ingénierie et informatique scientifique.

Compétences

Nous recherchons une personne avec un intérêt pour l’analyse de données en neuroscience et maîtrisant la programmation (par ex Python, R, Matlab, C#). La personne doit être astucieuse, persévérante, connaître les plateformes de dissémination des codes informatiques (par ex Github) et capable de prendre des initiatives pour faire avancer les projets. Une formation de licence ou master est attendue, incluant notamment une ou plusieurs des spécialités suivantes : traitement d’image, traitement du signal, mathématiques et informatique appliquées, bioingénierie, optique, microscopie, machine vision, ou une expérience avérée dans ces domaines.

Une aisance avec les outils informatiques en général (Windows ou Linux,…) et un sens de la pédagogie sont attendus.
Des connaissances en électronique, mécanique, impression 3D seront un atout.

Une maîtrise suffisante de l’anglais scientifique est attendue.

Contexte de travail

Le.la candidat.e rejoindra l'équipe dirigée par Julien Bouvier, circuits neuronaux et contrôle moteur, (https://neuropsi.cnrs.fr/departements/icn/equipe-julien-bouvier/), composée d’un directeur de recherche, d’une ingénieure d’études, d’un assistant ingénieur, de 2 ingénieurs de recherches, de deux étudiants en thèse et de plusieurs étudiants en licence et master. Au sein de l’institut, il.elle pourra interagir avec une équipe spécialisée dans l’analyse de données.
L'Institut des Neurosciences Paris-saclay (Neuro-PSI) est implanté sur le site du CEA à Saclay et regroupe 21 équipes de recherche, des plateformes et services techniques permettant l'étude du fonctionnement cérébral chez plusieurs modèles animaux à tous les niveaux.

L'accès au site CEA est desservi par un service de bus à partir du RER le guichet et Massy.

Contraintes et risques

Beaucoup de travail à l’ordinateur.
Certaines tâches se feront dans une zone hébergeant des souris (allergènes).

Informations complémentaires

- Congés annuels / RTT : 44 jours
- Horaires variables
- Restaurant d'entreprise
- Transport : RER B à proximité - prise en charge (75% du coût) et forfait mobilité durable jusqu’à 300 €
- Offres sociales : participation à la mutuelle, restauration collective, sport et loisirs, billetterie…