Missions

L'équipe de recherche travaille sur le mécanisme de recombinaison homologue, en tant que voie de réparation des lésions de l'ADN (cassures et arrêts de réplication) mais aussi dans le contexte particulier de la méiose. Une dérégulation ou une déficience de la recombinaison homologue entraine la cancérogenèse et/ou l'infertilité chez les mammifères. Dans ce mécanisme, il y a d'abord la résection qui permet la formation de longs fragments d'ADN simple brin au niveau de la cassure ou de la fourche de réplication, puis l'assemblage des recombinases sur cet ADN simple brin pour permettre la recherche d'une séquence homologue pour recopier et réparer l'ADN endommagé. Il y a donc des échanges génétiques qui impliquent la formation d'intermédiaires avec des structures complexes. Caractériser ces structures et leur évolution en microscopie électronique (EM) en fonction du contexte (cellules saines, cancéreuses, soumises à différents types de traitements) est un challenge technique qui permettra d'avancer considérablement dans la compréhension de ce mécanisme et de ses dérégulations. Le candidat sera impliqué dans plusieurs projets de collaboration (ANR et INCA principalement) ayant tous pour objectif l'extraction, la capture et la caractérisation des intermédiaires de recombinaison/réparation. Pour cela différentes méthodes de purification ou d'enrichissement pourront être testées en s'inspirant de travaux déjà réalisés au laboratoire. L'ingénieur-e testera différentes approches d'extraction d'ADN et d'enrichissement pour isoler certaines régions ou intermédiaires de la réparation dans le génome. En parallèle, il-elle apprendra à réaliser les échantillons pour leur observation en EM. Il-elle deviendra autonome pour manier le microscope et analyser les échantillons d'ADN. Enfin, il-elle mettra en place des outils d'analyse statistique pour identifier et caractériser les structures. L'objectif de la mission sera d'aller de l'extraction de l'ADN des cellules dans différents contextes génétiques à son observation et sa caractérisation en EM.

Activités

Cultures cellulaires, extraction/purification de l'ADN, identification de certains acteurs de la réparation de l'ADN par western blot, enrichissement en utilisant des colonnes de chromatographie ou des approches d'affinité comme la ChIP ou des outils tels que les CRISPR-Cas9. Puis réalisation des échantillons pour la microscopie électronique, adaptation des méthodes d'étalement, observation et analyse des molécules d'ADN.

Compétences

Expérience en culture cellulaire, extraction d'ADN génomique/de chromatine - Techniques de base en biochimie et biologie moléculaire. Compétences appréciées : Immunoprécipitation de Chromatine, biologie cellulaire (IF), connaissances dans le domaines de la réparation de l'ADN, la chromatine - Bonne autonomie, bonne communication avec les membres de l'équipe - Aimer le travail d'équipe - Rigueur scientifique, - Compréhension de l'anglais lu (niveau A2/ B1).

Contexte de travail

L'Equipe 'Réparation des cassures double brin et intégrité du génome' est rattachée à l’UMR 9019 CNRS - Intégrité du génome et cancer. Constituée d'un directeur de recherche, 2 chargés de recherche, une Ingénieure de Recherche et 4 étudiants en thèse, l'équipe s'organise en deux pôles d'activité, l'un utilisant des approches de microscopie électronique (EM) et d'imagerie moléculaire pour étudier les réactions biochimiques reconstituées de réparation de l'ADN, et un autre construisant des systèmes in vivo et exploitant des méthodes de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire. Parmi ces approches multiples, l'équipe a récemment développé une méthodologie pour caractériser les intermédiaires de l'ADN par EM après enrichissement à partir de cellules et développé une expertise en Cryo-EM pour résoudre les structures de complexes ADN-protéine pertinents dans le contexte des voies de réparation de l'ADN.
Plus généralement, l'équipe d'accueil est spécialisée dans l'observation et la caractérisation de l'ADN, ARN et des complexes ADN-protéines. Pour cela nous avons développé un certain nombre de techniques de fabrication et d'observation des échantillons soit à partir d'ADN/ARN et protéines purifiés, soit à partir d'ADN extrait des cellules.

Informations complémentaires

contrat d'un an renouvelable 2 fois (soit 3 ans au total)