Missions

Ce contrat s’inscrit dans le cadre d’un projet financé par l’Agence Nationale pour la Recherche (ANR) ayant pour objet l’étude du rôle des protéines ABC-F dans le processus de traduction chez la cyanobactérie Synechocystis sp. PCC 6803. Le/la post-doctorant·e recruté·e fera partie de l’équipe « Physiologie et régulation de la synthèse protéique » dirigée par Grégory Boël à l'Institut de biologie physico-chimique (IBPC). Il/Elle travaillera sous la supervision de Laura Monlezun.

Activités

Le projet vise à caractériser le rôle physiologique des deux facteurs de traduction de la famille ABC-F (Fostier et al. FEMS Letters 2021) de la cyanobactérie Synechocystis PCC 6803. Des souches délétées de chacun des gènes codant pour les protéines ABC-F et des souches complémentées ont été construites au laboratoire. Afin de déterminer la spécificité de chaque ABC-F vis-à-vis de certains ARNm (Ousalem et al., Nat. Comm. 2024), le/la candidat·e sera en charge de l’analyse transcriptomique (RNA-seq) et protéomique (Label-free MS) des différentes souches. Pour compléter ces approches globales, il/elle sera également en charge de la mise en œuvre et de l’optimisation de la technique de profilage de ribosomes (Ribo-seq) chez cet organisme (Karlsen et al., mSystems 2018), afin de déterminer les pauses des ribosomes lors de l’élongation, induites en absence de chaque ABC-F. De plus, le/la candidat·e contribuera à élucider précisément le mode d’action de ces ABC-F vis à vis des ARNm cibles (motif minimal) et vis à vis des ribosomes par des approches in vivo (mutagenèse dirigée, rapporteurs fluorescents, analyse de ribosomes sur gradient de sucrose) et in vitro (toe-printing, traduction in vitro). Il/Elle pourra être amené·e à superviser des étudiants de niveau Master pour certaines de ces expériences.

Compétences

Nous recherchons un·e candidat·e curieux·euse, hautement motivé·e, avec un doctorat dans le domaine de la microbiologie et avec, en particulier, une expertise démontrée dans la culture et la génétique des cyanobactéries. Il/Elle devra être à l’aise avec les techniques de biologie moléculaire (clonage, mutagenèse, etc). Le ou la candidat·e devra si possible être familier·ère avec la préparation et/ou l’analyse d’échantillons d’ARN par séquençage haut débit (mRNA-seq et/ou ribo-seq). Idéalement, une expérience en purification de protéines et en analyse de type Northern Blot et/ou Western Blot est souhaitée. Il/Elle devra avoir des connaissances générales sur la synthèse des protéines et la biochimie de l'ARN.
Le ou la candidat·e devra faire preuve d’autonomie, de rigueur et de capacités organisationnelles dans ses expériences. L’aptitude au travail collaboratif/en équipe, la capacité à présenter ses travaux de recherche oralement ou à l’écrit font également partie des critères essentiels à ce poste. Enfin, une bonne maitrise de l’anglais parlé et écrit est fortement recommandée.

Les candidat·e·s sont invité·e·s à soumettre leur CV avec la liste complète de leurs publications, une lettre de motivation ainsi que trois références pouvant être contactées, sur le site Emploi du CNRS.

Contexte de travail

Le ou la candidat·e effectuera ses travaux de recherche au sein de l’équipe de G. Boël dans l’unité « Expression Génétique Microbienne » (UMR8261) à l’IBPC. L'IBPC est un institut multidisciplinaire du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) situé dans le centre de Paris sur le campus Pierre et Marie (Paris 5ème). L'institut possède notamment une plateforme de protéomique et une plateforme de bioinformatique qui seront sollicitées pour ce projet. L’unité EGM emploie 35 personnes regroupées en 6 équipes axées sur l’étude de l’ARN et le contrôle de l’expression des gènes. L’équipe de G. Boël s’intéresse au processus traduction chez les bactéries au travers de 2 aspects : (1) la caractérisation des facteurs de traduction de la famille ABC-F et (2) l’identification de déterminants (motifs/structures) sur l’ARNm qui affectent sa stabilité et sa traductabilité. L’équipe est composée de 3 personnels permanents : un directeur de recherche CNRS, un technicien CNRS et une maîtresse de conférences Université Paris Cité. Une chercheuse post-doctorante, un ingénieur d’étude et une assistante ingénieure contractuels complètent actuellement l’équipe. Des étudiant·e·s en Master (M1 et M2) sont régulièrement recruté·e·s sur les différents projets de l’équipe. L’accès à un ensemble d’équipements communs à l’unité/institut (ultracentrifugeuses, système de purification, fractionnateur de gradients, Typhoon, Bioanalyser, etc.) et une proximité avec l’UMR7141 travaillant sur la biologie du chloroplaste et les micro-algues sont des atouts majeurs pour la réalisation de ce projet.

Contraintes et risques

Il est possible que ce projet de recherche implique l'utilisation de radio-isotopes (32P).

Informations complémentaires

Site Web de l’unité EGM : http://www.ibpc.fr/UMR8261/AccueilUMR8261.html
Pour tout complément d’informations, le ou la candidat·e peut contacter Laura Monlezun (laura.monlezun@ibpc.fr) ou Grégory Boël (boel@ibpc.fr).