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Portail > Offres > Offre UMR8199-HELDEG0-019 - Post-doctorat en métabolomique du cardiométabolisme humain par LC-HRMS (H/F)

Post-doctorat en métabolomique du cardiométabolisme humain par LC-HRMS (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 30 novembre 2020

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Informations générales

Référence : UMR8199-HELDEG0-019
Lieu de travail : LILLE
Date de publication : lundi 19 octobre 2020
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 36 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2675 et 3805 euros brut mensuel
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Un contrat de chercheur post-doctoral ou d'Ingénieur de Recherche est ouvert à l'Institut Européen de Génomique du Diabète (UMR 8199 CNRS / INSERM/ Institut Pasteur de Lille, CHU Lille, Université de Lille, France) dans le groupe “Metabolome et Microbiome en Cardiométabolisme” supervisé par le Pr. Marc-Emmanuel Dumas, à Lille.
Le/la candidat(e) sélectionné(e) développera une méthodologie de spectrométrie de masse à haute résolution et à hauts débits (automatisation de préparation d'échantillons, optimisation des conditions chromatographiques, développement d'une base de données exhaustive de standards chimiques) afin de caractériser des échantillons humains, cellulaires et animaux.
Il/Elle contribuera à l'identification de métabolites microbiens et de l'hôte, ainsi que leurs voies de biosynthèse et leur impact sur le cardiométabolisme, incluant leurs déterminants génomiques, métagénomiques et environnementaux.

Activités

L'objectif est de développer une méthodologie innovante et compréhensive de caractérisation du métabolisme à hauts-débits et haute résolution par spectrométrie de masse afin de profiler des fluides biologiques et tissus chez l'homme et l'animal pour étudier le rôle du microbiome dans le cardiométabolisme :
Le/La candidat/e sera responsable du développement, validation et l'application de méthodologies innovantes :
• Développement de méthodes d'extraction et de chromatographies pour le profilage ouvert (non-ciblé) du métabolome dans les fluides biologiques et tissus
• Développement d'une banque de standards chimiques purs et d'une base de données associée par spectrométrie de masse
• Caractérisation bio/chimioinfomatique de spectres de masse
• Identification structurale de novo de métabolites
Il/Elle sera responsable de l'acquisition et de l'analyse des données LC-MS, ainsi que la dissémination scientifique des résultats (rédaction d'articles scientifiques en Anglais, participations à des réunions et conférences internationales). Le/la candidat(e) jouera influencera le projet : développement méthodologique et base de données de standards, , définition des priorités des composés pour l'identification structurale, interprétation des résultats.

Compétences

Le/la candidat(e) devra:
• Être titulaire d'un Doctorat ou Ingénieur en Chimie Analytique avec une spécialisation en spectrométrie de masse
• Avoir une expertise en métabolomique et/ou en identification de substances naturelles par spectrométrie de masse (molécules < 1000 Da) appliquées à des matrices telles l'urine, le plasma sanguin, fèces ou tissus
• Avoir une expertise en spectrométrie de masse à haute résolution, ainsi que le traitement de données (environnement R, Matlab, Jupiter notebooks), et notamment les réseaux moléculaires en utilisant GNPS
• Maitriser l'Anglais (écrit et parlé)
• Être motivé par un projet d'équipe multidisciplinaire
• Démontrer autonomie, rigueur, pensée critique, et capacité à s'intégrer au sein d'une équipe internationale

Contexte de travail

Le candidat sélectionné rejoindra le groupe “Microbiome, Métabolome et Cardiométabolisme” à EGID (reconnu par un label de 'Laboratoire d'Excellence', Labex), dont les objectifs de recherche sont d'étudier le microbiome pour identifier des métabolites microbiens impliqués dans le cardiométabolisme et étudier leurs bioactivités dans les processus biologiques. L'institut fournit un excellent environnement intellectuel et l'infrastructure requise pour le projet de recherche, avec un accès direct à des plateformes telles que le séquençage a hauts-débits (LIGAN-PM, plateforme d'Equipement d'Excellence, Equipex), animalerie avec plateforme d'imagerie et d'études métaboliques (cages métaboliques, tapis de course, CTscan, PET scan, MRI), imagerie cellulaire (microscopie confocale, électronique), cytométrie de flux (INFLUX BD) et de masse (CyTOF). En particulier, le/la candidat/e fera partie de l'équipe du projet 'Accueil Talent International' attribuée au Pr. Dumas et financé par la fondation ISite, Région Hauts-de-France et la Métropole Lilloise. Le projet intègre une expertise en chimie analytique, chimiométrie, métagénomique et validations in dans des modèles cellulaires et animaux afin d'identifier les voies métaboliques impliquées dans le cardiométabolisme. Le/la candidat/e travaillera en interaction avec des collègues au sein du groupe, de l'Institut ainsi que des collaborateurs internationaux.

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