Informations générales
Intitulé de l'offre : H/F Rôle des variants structuraux dans l’évolution
Référence : UMR8197-VALHER-157
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : mardi 21 janvier 2025
Type de contrat : Chercheur en contrat CDD
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : Entre 3 081€ et 4 700€ selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : 29 - Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés
Missions
Le projet explore le rôle des variations génétiques structurelles (SV) – comme par exemple les duplications, inversions et translocations - dans l'adaptation à de nouveaux environnements. Nos expériences d'évolution expérimentale dans des conditions de laboratoire contrôlées sont menées à partir de populations hybrides du nématode C. elegans, dérivées de 16 souches fondatrices possédant des variations génétiques structurelles. Le candidat sélectionné analysera les données de séquençage du génome complet, obtenues par du séquençage à lectures longue (long-read sequencing) de ces souches fondatrices, et utilisera des données de séquençage à lectures courtes (short-read sequencing) pour estimer la dynamique de fréquence des SV à travers des séries chronologiques de données ainsi que des lignées recombinantes du panel CeMEE.
Activités
- Mettre en place un pipeline d’analyse d’identification et de cartographie des variant structuraux dans les lignées fondatrices
- Identifier les fréquences de ces variants dans les populations et suivre leurs dynamiques
- Rédiger un ou plusieurs articles scientifiques
- Participer à la vie de l’équipe et du laboratoire
Compétences
Le candidat doit être compétent en programmation et en statistiques, et avoir une formation en génomique comparative avec un réel intérêt pour la biologie évolutive. Idéalement, le candidat sera titulaire d'un doctorat en génomique évolutive ou en bioinformatique. De solides compétences en communication et en relations interpersonnelles sont essentielles, et bien que la connaissance du français ne soit pas requise, elle est un atout. Le candidat devra collaborer étroitement avec les équipes des deux chercheurs principaux, qui comprennent des expérimentateurs et des bioinformaticiens, et s'engager avec les communautés de recherche plus larges à l'IBENS, à l'IBPC et à PSL.
Contexte de travail
Ce poste de post-doctorant de 12 mois est disponible à l'Institut de Biologie de l’École Normale Supérieure (IBENS) dans le cadre du projet SVadapt, financé par une bourse interdisciplinaire PSL-Qlife. SVadapt est dirigé par François Mallard (IBENS) et Ingrid Lafontaine (IBPC) et sera hébergé au sein de l'équipe de Génétique Évolutive Expérimentale.