Missions

L’objectif du projet est de mesurer la réponse en force d’agents hybrides faits d’une part d’un châssis en ADN (duplex ou origami) et d’autre part de nanobodies (petits anticorps monofonctionnels). Cela comprendra les tâches suivantes : mettre en œuvre un nouveau dispositif de pinces magnétiques ; établir des conditions expérimentales pour l’application de forces allant jusqu’à 25 - 30 pN ; caractériser la stabilité sous traction du châssis en ADN ; caractériser la réponse en force des interactions entre l’antigène PD-L1 et une banque de nanobodies dirigée contre cette protéine ; caractériser la réponse en force de composés hybrides bispécifiques et comparer cette dernière avec celle de nanobodies bispécifiques purement protéiques ; définir comment les réponses obtenues peuvent éclairer les phénomènes observés sur cellules.

Activités

Il s’agira tout d’abord de mettre en route un nouveau dispositif expérimental (qui viendra s’ajouter à ceux déjà présents dans l’équipe). Puis il faudra préparer les objets biologiques d’intérêt, les monter sur un échafaudage en ADN appelé J-DNA et les introduire dans la cellule fluidique où aura lieu la mesure. L’ensemble sera ensuite étudié grâce à des pinces magnétiques, i.e. un système de micromanipulation molécule unique permettant d’observer la dissociation sous force des complexes d’acides nucléiques et /ou de protéines. Les données cinétiques obtenues seront analysées par informatique et la résistance à la force déterminée. Si le temps le permet de petits modèles phénoménologiques pourront être construits pour expliquer les résultats obtenus.

Compétences

Principale = Développement d’expériences alliant instrumentation, analyse de données et travail de paillasse sur objets biologiques. Secondaire = Confrontation modèle / résultats expérimentaux. Bases théoriques en biophysique et en cinétique chimique. Secondaire = Bases pratiques de travail sur les protéines (expression et purification) et les acides nucléiques (biologie moléculaire).

Contexte de travail

Projet ANR DNAnobodies « DNA-nanobody agents to interrogate and manipulate immune cell interfaces ». Collaboration entre 3 laboratoires : l’IBENS (équipe « Machines et Moteurs Moléculaires »), le Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (équipe « Anticorps Thérapeutiques et Immunociblage ») et le Laboratoire Adhésion et Inflammation. Dans ce cadre la première équipe réalise les caractérisations à l’échelle moléculaire et les deux autres les caractérisations à l’échelle cellulaire.