Missions

L’assistant ingénieur aura pour mission de participer à l’acquisition automatisée d’images de phytoplancton marin par des cytomètres en flux/imageurs automatisés sur le terrain et au laboratoire, ainsi qu’au traitement, contrôle qualité et analyse des données à l’aide d’outils et plateformes de classification automatisée du plancton, en vue de leur bancarisation.

Activités

- Participer au déploiement au laboratoire et sur le terrain (missions embarquées, stations fixes de mesure) de dispositifs d’acquisition et d’analyse de signaux optiques et d’images à haute résolution, pour le suivi de la diversité taxonomique et fonctionnelle du phytoplancton
- Réaliser une veille bibliographique associée aux approches optiques/d’imagerie
- Contribuer à l’amélioration des protocoles opérationnels associés en vue de leur meilleure interopérabilité
- Appliquer des approches automatisées de classification et discrimination des signaux et images
- Participer au flux de travail pour envoi des données traitées vers des bases de données européennes en utilisant des référentiels taxonomique et fonctionnels définis et consensuels

Compétences

- Bases d’océanographie biologique et de diversité et écologie du phytoplancton
- Expérience mesures et échantillonnages en mer
- Bases de cytométrie en flux/imageurs automatisés
- Utilisation de langages de programmation (Python, R…)
- Langue anglaise (niveau B2)
- Capacité de raisonnement analytique
- Sens de l’organisation et du relationnel
- Rigueur précision
- Forte capacité d'adaptation et d’autonomie

Contexte de travail

Le travail s’insère dans le cadre du développement de la composante biodiversité du jumeau digital de l’océan (Digital Twin Ocean = DTO), en intégrant différentes sources de données. Son objectif principal est d’établir un flux de données durable de la biodiversité marine européenne. Pour ce faire, un important travail d’harmonisation des données non bancarisées, des protocoles et du vocabulaire doit être réalisé avant l’incorporation dans les flux de données, depuis leur collecte à leur intégration dans le DTO. L’intégration se fera en passant par des intégrateurs primaires, comme EcoTaxa pour la classification automatisée d’images, et secondaires, notamment EMODnet qui agrège les données en des ensembles répondant aux principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable). Le LOG CNRS est engagé, entre autres, dans le work package Les activités de l'assistant(e) ingénieur(e) concerneront en particulier le WP3.2: Building the biodiversity component with plankton imaging observation networks et s'exerceront au sein de l’Équipe 1 du Laboratoire d’Océanologie et Géosciences (CNRS UMR 8187). Le travail se fera en collaboration avec des techniciens, ingénieurs et chercheurs des laboratoires partenaires du projet cité.

Contraintes et risques

Travail au bureau avec l'utilisation de différents outils informatiques. Missions embarquées pour mesures et collectes d’échantillons. Déplacements éventuels en France et à l'étranger pour des missions, réunions de travail et présentations dans des symposia.