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Post-doctorat en génomique évolutive de chromosomes sexuels de champignons (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR8079-TATGIR-005
Lieu de travail : ORSAY
Date de publication : mardi 12 novembre 2019
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2100€ à 3000€ nets mensuels selon l'expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Post-doctorat en génomique évolutive pour analyser l'évolution des chromosomes sexuels de champignons par des approches de génomique évolutives, au sein du laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution de l'université Paris Sud à Orsay.

Activités

-Analyses de chromosomes sexuels à partir de jeux de données haut-débit de génomes entiers Illumina, PacBio et MinION (SNP et marques de méthylation)
-Analyses de génomique évolutive (phylogénomique, orthologie, sélection, synténie)
-Participation possible à la génération de données (participation à la gestion des souches, de la culture de l'extraction d'ADN, du séquençage MinION)
-Rédaction de publications.
-Veille en bioinformatique et génomique évolutive.
-Savoir assurer une traçabilité et fiabilité des résultats
- Participer à la formation des nouveaux membres de l'équipe aux méthodes utilisées et aux bonnes pratiques de laboratoire

Compétences

-Maîtrise des analyses bioinformatiques sur des données de séquençage à haut-débit
-Maîtrise d'au moins un langage de programmation machine (C ,C++, java), un langage de script (python, perl), du logiciel R et d'un interpréteur shell Unix.
-Connaissances générales en biologie, statistiques, et connaissances approfondies en biologie de l'évolution.
-Maîtrise des outils de représentation des données (par exemple réaliser des représentations graphiques en utilisant le langage R)
-Maîtrise des analyses de génomique évolutive (phylogénomique, orthologie, synténie, détection de sélection)
- Maîtrise des dépôts de pipelines d'analyses dans les banques publiques telles que GitHub
-Maitrise de l'anglais (oral et écrit).
- Capacité d'organisation et de planification.
- Rigueur et autonomie.
- Capacité d'initiative
- Aptitude à travailler en équipe et à s'inscrire dans des projets collectifs
- Assurer la traçabilité des données traitées et la reproductibilité des analyses réalisées
-Capacité à transmettre ses connaissances techniques et son savoir-faire
-Capacité à adapter ses compétences aux évolutions permanentes de son domaine
-Capacité à diffuser ses résultats scientifique par écrit et par oral
-Capacité à rédiger des articles scientifiques

Contexte de travail

L'unité Ecologie, Systématique et Evolution (ESE) est une unité mixte de recherche CNRS, AgroParisTEch et Université Paris Sud, qui conduit des recherches en écologie et évolution qui visent à étudier l'origine et la dynamique de la biodiversité ainsi que l'évolution et le fonctionnement des écosystèmes. L'unité est localisée sur le campus scientifique d'Orsay de l'université Paris-Sud et compte 125 personnes et dispose d'une serre, de laboratoires de biologie moléculaire et de culture in vitro.
Le post-doc travaillera au sein de l'équipe “Génétique et écologie évolutives”, dans le groupe de Tatiana Giraud composé d'1 DR, 1 CR, 2 MdC, 3 post-doc, 4 thésards, 1 AI. Le poste se place au sein d'un projet ERC visant à comprendre l'évolution des chromosomes sexuels de champignons. Le CDD est pour 12 mois initialement mais est prolongeable éventuellement jusque 3 ans.

Contraintes et risques

Pas de risques au-delà de ceux classiques de travail dans un bureau

Informations complémentaires

Le contrat est pour une durée d'un an avec possibilités d'extension jusqu'à 2 ans supplémentaires (3 ans au total). Merci de faire envoyer deux lettres de recommandation.

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