Postdoc - Analyse d'image en neurobiologie du développement (H/F)
Nouveau
- Chercheur en contrat CDD
- 17 mois
- Doctorat
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Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.
L'offre en un coup d'oeil
L'unité
Laboratoire d'optique et biosciences
Type de Contrat
Chercheur en contrat CDD
Temps de Travail
Complet
Lieu de Travail
91128 PALAISEAU
Durée du contrat
17 mois
Date d'Embauche
01/02/2027
Rémuneration
de 3131.32 à 4703.50€ brut mensuel selon expérience
Postuler Date limite de candidature : mercredi 2 décembre 2026 23:59
Description du Poste
Les Missions
Le groupe « Microscopies avancées et physiologie des tissus » du Laboratoire d'Optique et de Biosciences (LOB), École Polytechnique, Palaiseau, France, cherche un(e) chercheur(se) post-doctorant(e) en analyse de grandes images biologiques. Il/elle aura pour mission de développer et d'optimiser de nouvelles stratégies d’analyse automatisée d’images 3D multicanaux/multicolores de cerveaux de souris de tailles supérieure au téraoctet. À partir d'un premier pipeline déjà opérationnel, il s'agira d'extraire plus d'informations, plus rapidement et à partir de données plus diverses, dans le but de répondre à des questions sur le développement du tissu cérébral.
L'Activité
Le ou la candidat(e) travaillera à partir des données expérimentales obtenues depuis deux ans au LOB, en lien étroit avec les problématiques biologiques qui ont motivé la production de ces données. Deux sujets complémentaires sont initialement envisagés : (i) l'apprentissage auto-supervisé polyvalent pour la détection, la segmentation, le traçage et la classification conjoints des cellules dans des images de grand volume, et (ii) le recalage multi-échelles entre images enregistrées avec différentes modalités de contraste. Des solutions partielles ont été implémentées ou décrites dans la littérature, en particulier via des méthodes d’apprentissage statistique, qui devront être testées et adaptées aux données multicolores.
Votre Profil
Compétences
Une thèse en vision par ordinateur, analyse d'images biomédicales ou biologie computationnelle avec une forte composante imagerie est demandée. Des compétences avancées en programmation en Python, apprentissage statistique/IA et analyse d'image sont requises. Un intérêt marqué et/ou des connaissances en microscopie et neuroscience seraient un atout. La capacité à travailler au sein d’une équipe interdisciplinaire est nécessaire.
Votre Environnement de Travail
Dans le cadre d’une collaboration de longue date entre le groupe de microscopies avancées du LOB à l'École Polytechnique et le groupe de neurogenèse et développement de circuits de l'Institut de la Vision, nous avons développé une technologie d'imagerie permettant de cartographier avec une résolution subcellulaire 3D un cerveau de souris entier marqué par une approche Brainbow multicolore renseignant sur les lignages cellulaires. Nous générons actuellement des jeux de données multicanaux comportant des centaines de milliards de voxels, et des efforts considérables sont actuellement en cours pour traiter, analyser et comprendre ces données, en particulier en collaboration avec le département d’informatique et IA de l’Université du Pays Basque.
Contraintes et risques
N/A
Rémunération et avantages
Rémunération
de 3131.32 à 4703.50€ brut mensuel selon expérience
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€
À propos de l’offre
| Référence de l’offre | UMR7645-EMMBEA-010 |
|---|---|
| Section(s) CN / Domaine de recherche | Modélisation mathématique, informatique et physique pour les sciences du vivant |
| Expérience souhaitée | 1 à 4 années |
À propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
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