Missions

Développement d’un logiciel d’analyse d’images de cryo-microscopie électronique, intégrant des simulations de dynamique moléculaire, pour la recherche académique et industrielle en biologie structurale et en découverte de médicaments. L’objectif principal est d’améliorer les performances d’un logiciel existant, tant en termes de vitesse de calcul et de robustesse, que d’autonomie fonctionnelle, d’ergonomie de l’interface utilisateur et de facilité de maintenance. Les responsabilités englobent l’analyse des besoins, la conception architecturale et fonctionnelle, le développement, les phases de test, l’intégration et le déploiement.

Activités

Concevoir et piloter des développements logiciels :
• Analyser les besoins, définir les tâches, évaluer les risques et suivre l’avancement
• Imaginer et structurer des architectures logicielles
• Piloter la mise en production de logiciels

Développer des solutions performantes :
• Analyser l’architecture et le code existants, et proposer des amélioration adaptées
• Assurer l’évolution et la maintenance des logiciels

Apporter un support aux utilisateurs et garantir la fiabilité des logiciels

Participer à l’amélioration continue :
• Optimiser les outils et les processus de développement
• Administrer les dépôts des codes (GitLab, GitHub)
• Assurer une veille technologique afin de rester à la pointe de l’innovation

Compétences

Compétences techniques:
- Maîtrise des langages de programmation Python, Fortran et C/C++
- Maîtrise des techniques de parallélisation des codes CPU et GPU
- Maîtrise du cycle de vie d'un logiciel et des bonnes pratiques en matière de qualité logicielle
- Maîtrise des systèmes Linux et de la ligne de commande
- Maîtrise des outils de gestion de version logicielle (GitLab, GitHub)
- Connaissance des technologies de conteneurisation et orchestration de conteneurs (Docker, Kubernetes, …)
- Connaissance des méthodes mathématiques et statistiques appliquées à l’analyse des données scientifiques
- Connaissances théoriques et pratiques du traitement du signal et de l’image
- Connaissances théoriques et pratiques de l’apprentissage automatique et de l’intelligence artificielle (machine learning, deep learning)
- Maîtrise de la langue anglaise (lu, écrit et parlé)
- Connaissances en physique suffisantes pour comprendre les simulations de dynamique moléculaire classiques
- Fort intérêt pour l'utilisation du développement logiciel afin de relever les défis biomédicaux

Compétences générales :
- Capacité à analyser un article scientifique
- Capacité à rendre compte de manière efficace (par écrit et oralement)
- Sens de l'organisation, autonomie et efficacité
- Souci de la qualité́ et rigueur dans le travail
- Qualités relationnelles et aptitude à la communication
- Esprit d’équipe
- Capacité de raisonnement analytique et de conceptualisation
- Prise d'initiative
- Capacité à développer une vision stratégique
- Curiosité intellectuelle

Contexte de travail

L'Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie (IMPMC-UMR 7590, Sorbonne Université, 75005 Paris) est une unité mixte de recherche affiliée au CNRS, à Sorbonne Université et au Muséum National d'Histoire Naturelle, regroupant environ 200 membres. L’IMPMC est un laboratoire pluridisciplinaire, composé de chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs issus des disciplines différentes (physique, science de la Terre, biologie, chimie, informatique, etc.). Des thèmes de recherche expérimentale et théorique divers y sont traités tel que l'élucidation de la structure des matériaux et des assemblages macromoléculaires, investigation de leurs propriétés dynamiques, étude des interactions entre le vivant et le minéral, etc.

La personne recrutée intégrera l’IMPMC dans le cadre d’un projet de prématuration financé par l'Alliance Sorbonne Université. Elle rejoindra une équipe dynamique, engagée dans une démarche continue de développement et d'amélioration de logiciels d’analyse d’images issues de la cryo microscopie électronique pour la biologie structurale.