Missions

Le projet ANR « DWELLS » cherche à comprendre l’importance des changements génétiques à court terme pour la démographie des oiseaux marins longévifs. Le projet se base sur des suivis de trois populations d'albatros, individus centrés à long-terme menés dans les territoires subantarctiques français. Les pédigrées constitués permettent d'estimer certains paramètres de génétique quantitative, mais ils sont lacunaires et contiennent des erreurs, ce qui limite grandement les capacités du jeu de données malgré des tailles d'échantillon substantielles. Pour pallier ce problème, nous utilisons du séquençage RAD-seq individuel pour estimer directement l'apparentement entre individus et corriger les pédigrées. La première mission du post-doctorat est donc de traiter les données RAD-seq et les combiner avec le jeu de données existant.
La/le post-doctorant.e devra ensuite exploiter ce jeu de donnée combiné pour estimer l'évolution récente, l'héritabilité, les corrélations génétiques, et l'évolvabilité de traits, voire la dépression de consanguinité. Du travail sur la modélisation de la sélection est en cours, et la/le post-doctorant.e pourra également y contribuer Selon l'avancement du projet dans son ensemble, ces résultats pourront être inclus dans des modèles de projection démographique sous des scénarios de changement environnementaux.

Les données RAD-seq pourront être complétées pour quelques individus par des données de génomes complets séquencés en faible profondeur. Ces données pourraient permettre d'affiner l'étude de la consanguinité, d'estimer les tailles de population efficaces passées, et potentiellement de tester une réponse évolutive à l'épizootie d'influenza aviaire actuelle.

Tous ces travaux devront être valorisés dans des publications scientifiques et des présentations en conférence.

Activités

- Traitements bioinformatiques
- Analyses de données
- Modélisation statistiques et mathématique de l'évolution de traits quantitatifs (et de la démographie)
- Publication des résultats dans des revues à comité de lecture et participation à des conférences
- Aide à l'encadrement des étudiants et à l'animation scientifique du laboratoire

Compétences

- Connaissances en génétique quantitative, génomique ou biologie évolutive indispensables, connaissances supplémentaires en écologie, démographie, oiseaux marins appréciées.
- Modélisation statistique avancée (GLMMs, modèles à représentation d'état, programmation Bayésienne stochastique) sous R
- Expérience avec de la bioinformatique, si possible expérience dans l'utilisation de données RAD-seq et/ou lcWGS (sinon, compétence à développer)
- Gestion et analyse de données, notamment issues de suivis individus-centrés à long-terme
- Communication scientifique, publication dans des revues à comité de lecture et présentation en conférence
- Anglais à un niveau professionnel
- Indépendance et sérieux scientifique

Contexte de travail

Le poste sera localisé au Centre d’Études Biologiques de Chizé, UMR 7372 CNRS-La Rochelle Université. Le CEBC est un laboratoire d'écologie s'appuyant sur de nombreux suivis à long terme visant à étudier sur la réponse des êtres vivants aux perturbations de l’environnement (changements climatiques, pratiques agricoles, contaminations environnementales...). Des séjours auprès de collaborateurs dans d'autres centres de recherche sont envisagés afin d'opérer des transferts de compétences. Des périodes de télétravail sont envisageables.

Le projet est financé par une bourse ANR qui s'achève fin décembre 2028 (le poste devra donc absolument être fini à cette date).

Contraintes et risques

Néant