Missions

L’objectif de ce poste est de développer des méthodes novatrices pour le traitement et l'analyse des images d'IRM à 7Tesla de différentes modalités et formats (NIFTI, DICOM, etc) à l'aide de techniques d'apprentissage automatique et d'intelligence artificielle. Ces méthodes seront proposées pour l’amélioration de la précision des diagnostics médicaux, l'identification de biomarqueurs et la compréhension des caractéristiques du gliome dans les données d'IRM.

Activités

Le/La candidat (e) sélectionné(e) travaillera en particulier sur le :
- Développement d’un pipeline de prétraitement des données médicales IRM a haut champ (normalisation, débruitage, recalage spatial) pour optimiser la qualité et la cohérence des données utilisées dans les analyses et faciliter la recherche des biomarqueurs dans des images 7T
- Développement d’algorithmes et de modèles d'intelligence artificielle pour le traitement et l'analyse des images/spectre obtenus en IRM, en mettant l'accent sur la détection des tissus tumoraux et la quantification des métabolites obtenus dans la lésion et la corrélation avec les données cliniques et de l’anatomo-pathologie.

Compétences

Profil recherché : Docteur en Informatique ou Traitement des images et du signal
Compétences requises :
· Programmation informatique médicale : python, 3D slicer, LCmodel (optionnel), FSL, spm, ants
· Compétences en Intelligence artificielle et expérience en apprentissage profond
· Maitrise des plateformes d’apprentissage profond Tensorflow/Pytorch/scikitlearn
· Connaissance en biologie et méthodes d'imagerie médicale : IRM, SRM
· Anglais : haut niveau

Contexte de travail

Le/la post doctorante recruté(e) travaillera sur la plateforme ultra haut champ du CHU de Poitiers au sein de l'équipe DACTIM-MIS du Laboratoire de Mathématiques et Applications (LMA, CNRS 7348) de l'Université de Poitiers dans le cadre du projet région GLIOSRM7T qui porte sur la caractérisation pré-chirurgicale de l’extension des gliomes à l’aide de la spectroscopie par résonance magnétique en IRM 7T. Une partie de ce projet s'intéresse au développement des outils de traitement d'images IRM, de la mise en place de modèles mathématiques d'analyse des données de spectroscopie, puis d'intégrer et de contextualiser les données d'imagerie multimodale pour l’aide au diagnostic.
Le candidat sélectionné travaillera en étroite collaboration avec des équipes multidisciplinaires comprenant des radiologues, des médecins et des ingénieurs, des mathématiciens pour valider et évaluer les modèles développées. Les résultats obtenus seront comparés à des références cliniques/précliniques et interprétés de manière médicalement pertinente.

Contraintes et risques

pas de risque ni contraintes