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Portail > Offres > Offre UMR7332-CATLEV-011 - Chercheur-e H/F

Chercheur-e H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 8 mars 2021

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Informations générales

Référence : UMR7332-CATLEV-011
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : lundi 15 février 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 mai 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2728.00€ à 3145.00 € bruts mensuels selon expérience.
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

- Forger un ensemble d'outils théoriques permettant de prédire les propriétés mécaniques et hydrodynamiques de milieu granulaire et/ou cellulaire à partir de séquence d'images de leur dynamique spontanée ;
- générer des données de simulations pour entrainer des algorithmes de reconnaissance de tissus pré-cancéreux ;
- analyser des données expérimentales issues de biopsies.

Activités

- Développer de nouveaux outils de simulations numériques discrets (modèle de vertex) ou continus (résolution d'équations de transport hydrodynamique).
- Conceptualiser de nouveaux paradigmes de la matière active.
- Contribuer au pilotage et à la formation technique d'étudiants.

Compétences

Connaissances :
- Informatique : Programmation en Matlab, C++, Python.
- Théorique : Hydrodynamique des systèmes complexes, Physique Statistique, Méthodes d'inférences, Intelligence Artificielle.
- Langue anglaise : B2 à C1.

Compétences opérationnelles
- Piloter un projet
- Autonomie pour développer de nouveaux axes de recherche
- Assurer une veille bibliographie
- Rédiger des articles scientifiques.

Contexte de travail

Contexte scientifique La majorité des cancers proviennent de tissus dits épithéliaux. Ces tissus peuvent être décrits comme des monocouches cellulaires courbées ; ces tissus vivants se réorganisent, s'écoulent et se renouvellent sur des échelles de temps de quelques jours à quelques mois. La rigidité d'un tissu étant un critère clinique de reconnaissance de tissus pré-cancéreux, il est envisagé que ce travail contribue au développement d'algorithmes de reconnaissance de tissus pré-cancéreux dans des biopsies.

Contraintes et risques

Environnement de travail Notre groupe de recherche théorique développe des modèles analytiques et numériques pour comprendre la physique des matériaux vivants. Nous avons implémenté un outil de simulation numérique des tissus épithéliaux appelé modèle de vertex dont la dynamique résulte d'un équilibre mécanique entre un ensemble de forces cellulaires, dont des forces de viscosité, de tension interfaciale et de pression cellulaire. L'originalité de notre approche est de considérer l'effet des fluctuations d'activité mécanique ; nous considérons des extensions de théorèmes issus de la physique-statistique pour relier fonction de réponse et fonction de corrélation dans les matériaux vivants, avec pour objectif de définir des outils de micro-rhéologie tissulaire. Nous proposons d'utiliser notre modèle de vertex pour simuler des tissus dont les propriétés mécaniques sont contrôlées et dont le spectre des fluctuations est imposé. Suivant le profil du candidat retenu, nous pourrions envisager le développement de techniques d'apprentissage profond supervisé (Deep Learning) pour inférer les propriétés mécaniques de ces tissus simulés.

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