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Ingénieur en analyse de données de neuroimagerie (H/F)

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Informations générales

Référence : UMR7289-NICMAL-002
Lieu de travail : MARSEILLE 05
Date de publication : mercredi 6 novembre 2019
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 36 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2472 et 2847€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Ingénieur
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Neuroimagerie multimodale des anomalies cérébelleuses dans la maladie de Parkinson

Le projet SENCE (Movement disorders in Parkinson's disease: The role of somatosensory deficits and cerebellar anomalies) est financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) et mené en collaboration avec l'Université d'Oxford (Medical Research Council - MRC). Nous étudions les anomalies anatomiques et métaboliques du cervelet résultant de la dérégulation des ganglions de la base dans la maladie de Parkinson (MP), contribuant potentiellement de façon importante aux déficits moteurs. Pour ce faire, nous recueillons chez des patients atteints de MP (et des témoins sains) un ensemble de données originales de neuroimagerie multimodale, comprenant des images IRM anatomiques, d'IRM de diffusion (DTI) et d'IRM fonctionnel à l'état de repos (rs-IRMf), ainsi que des images TEP-FDG, complétées par des enregistrements comportementaux et électrophysiologiques (EEG/LFP intracrânien) recueillis chez ces mêmes participants pendant des tâches motrices effectuées sous médication dopaminergique ou non (ON/OFF L-Dopa) et/ou pendant différents protocoles de stimulation profonde (DBS).

Activités

L'ingénieur en analyse de données sera responsable de la mise en place de pipelines de traitement dédiés à l'analyse des différents types d'imagerie neurologique (IRM et TEP), au niveau du cerveau entier mais se centrant en particulier sur la caractérisation de l'anatomie, de la connectivité et du métabolisme du cervelet. Ces résultats de neuroimagerie seront également combinés avec des données comportementales et électrophysiologiques qui seront analysées par d'autres membres du consortium du projet. En outre, l'ingénieur en analyse de données organisera les données brutes et traitées d'une manière normalisée pour les rendre accessibles à l'ensemble du consortium et à la communauté scientifique dans son ensemble. Ces missions s'inscrivent dans notre engagement de reproductibilité scientifique par le libre accès aux données et le code ouvert.

Compétences

Ce poste s'adresse à un candidat qui est à l'aise (ou compétent) avec la programmation informatique (python sera notre langue de choix ; matlab sera également utilisé) et qui possède de bonnes connaissances et/ou expérience en traitement du signal et des images. Il peut être intéressant pour différents types de profils. Vous êtes jeune diplômé (BSc ou MSc) en sciences de l'information, en génie électrique ou en neurosciences et vous souhaitez être au cœur d'un projet d'imagerie médicale innovant, avec la possibilité de poursuivre vos études en doctorat. Ou vous avez déjà un doctorat dans un domaine pertinent et vous souhaitez saisir cette opportunité pour remplir les missions précitées tout en vous impliquant davantage dans les aspects de recherche du projet, ce qui devrait offrir d'excellentes opportunités de publications dans des revues neuroscientifiques ou méthodologiques.

Contexte de travail

L'Institut de Neurosciences de la Timone (INT) est l'un des premiers instituts français de recherche en neurosciences avec 150 collaborateurs répartis en 10 équipes interdisciplinaires qui étudient différents aspects de l'organisation cérébrale. Il est situé sur le campus médical de l'Université d'Aix-Marseille. Le candidat retenu se joindra à l'équipe du projet SENCE au sein de l'INT et interagira avec des neuroscientifiques cognitifs, des neuroscientifiques théoriques ainsi que des spécialistes de l'acquisition et du traitement de données en neuroimagerie. Marseille, deuxième plus grande ville de France, est un pôle interculturel dynamique situé au bord de la Méditerranée, à seulement 2h des Alpes.

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