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Portail > Offres > Offre UMR7288-CHRESS-032 - Ingénieur-e biologiste en laboratoire (H/F)

Ingénieur-e biologiste en laboratoire (H/F)


Date Limite Candidature : mardi 28 juin 2022

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Informations générales

Référence : UMR7288-CHRESS-032
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : mardi 7 juin 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2172€ à 2293€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Ingénieur
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Contexte de la mission : Nous étudions la morphogenèse des animaux. Comment les cellules génèrent-elles des forces mécaniques, de l'échelle supramoléculaire à l'échelle multicellulaire ? Quelles réponses ces forces produisent-elles pour former des structures organisées et fonctionnelles ? Comment ces forces sont-elles couplées aux processus de signalisation et de différentiation cellulaire ?
Pour répondre à ces questions, nos approches expérimentales sont celles de la physique et l'optique (microscopie avancée), mais aussi de la biologie cellulaire et moléculaire. Dans ce cadre, nous souhaitons recruter un.e ingénieur.e biologiste qui soutienne un large projet de recherche sur l'auto-organisation d'organoïdes embryonnaires appelés gastruloïdes. Ce projet implique 6 personnes dans l'équipe avec des profils variés (biophysique, biologie, informatique). Ensemble, à l'aide de ce modèle in vitro, nous cherchons à comprendre comment le couplage entre mécanique et génétique conduit à l'organisation du plan du corps et des tissus embryonnaires.

Activités

- Culture cellulaire, préparation d'organoïdes, génération et caractérisation de nouvelles lignées cellulaires, assurer une bonne conservation et classification des lignées sur les temps longs (azote) (30% du temps)
- Développement et adaptation de protocoles expérimentaux (développement de nouveaux protocoles de culture d'organoïdes en variant la composition chimique et biomécanique de leur environnement, immunomarquages, protocoles d'imagerie multiplexée à base d'anticorps, single cell sequencing) (40% du temps)
- Lab manager : gérer les stocks communs de l'équipe et de la salle de culture, les commandes de produits, réactifs et petit matériel divers. (25% du temps)
- Encadrement des nouveaux membres et stagiaires de l'équipe sur les aspects liés à la culture cellulaire (5% du temps)

Compétences

- Avoir une très bonne expérience en culture cellulaire de lignées de cellules mammifères (la maîtrise de (1) la culture de cellules souches embryonnaires ou iPSC ou (2) de techniques de fabrication d'organoïdes/sphéroïdes ou (3) la génération de nouvelles lignées par transfection seront des atouts supplémentaires appréciés).
- Avoir une bonne expérience dans l'utilisation de techniques d'immunomarquage (la maîtrise de techniques de (1) multiplexage ou (2) de clarification de tissus ou (3) d'imagerie sera un atout supplémentaire apprécié);
- Maîtriser les techniques de biologie moléculaire (clonage de grands fragments d'ADN, technologie PCR de routine et avancée, in situ, cell sorting (FACS)) ;
- Être capables de concevoir puis mener à bien des réalisations expérimentales variées, ainsi que d'analyser les résultats expérimentaux bruts et de proposer un avis scientifique cohérent sur les résultats obtenus ;
- Travailler en suivant les procédures de sécurité en vigueur et en particulier celles liées aux risques biologiques et chimiques ;
- Maîtrise de l'anglais technique et scientifique et être capable de lire la littérature scientifique et la présenter pour implémenter de nouveaux protocoles.
- Avoir de la curiosité scientifique ;
- Être autonomes tout en appréciant le travail en équipe ;
-Savoir s'intégrer à un projet de recherche et y prendre pleinement part en participant aux discussions scientifiques et en proposant la mise en place de nouvelles méthodes expérimentales pour répondre aux problématiques rencontrées
- Posséder une très bonne capacité organisationnelle afin de gérer les stocks de culture cellulaire avec rigueur tout en couvrant les différents aspects de la mission (culture, managing, investigations expérimentales) ;

- être capables de mettre en forme les résultats obtenus et de rendre compte de leur travail vis-à-vis de leurs responsables. Savoir présenter et valoriser ses résultats lors de réunions d'équipe.
Les compétences nouvelles que l'ingénieur.e pourrait acquérir dans notre équipe
Microscopie : Nous utilisons de façon quotidienne des techniques de microscopie classique (épifluorescence, confocale) et de microscopie avancée (biphotonique, à feuillet de lumière) afin d'imager en temps réel et en 3D le développement des Gastruloïdes ainsi que les distributions spatiales de gènes et de protéines d'intérêt sur des échantillons immunomarqués.

Analyse d'images : Nous utilisons et développons des méthodes d'analyse d'images conventionnelles (macros Fiji, codes Matlab, Python) ainsi que de Deep Learning afin d'analyser de manière automatique les résultats de nos expériences (formes cellulaires, distributions de divisions cellulaires, etc).

Techniques biophysiques : Nous utilisons et développons en collaboration avec des équipes du Centre Turing pour les systèmes vivants des méthodes expérimentales nous permettant de changer l'environnement mécanique des Gastruloides (fabrication de micro-chambres, de dispositifs microfluidiques) et de mesurer les contraintes mécaniques générées à l'intérieur des tissus (billes déformables, ablations laser).

Organoïdes embryonnaires : Nous étudions de manière quantitative la manière dont les perturbations biochimiques et biomécaniques modulent la croissance, la différentiation et la morphogenèse d'organoïdes embyronnaires, ce qui nous permet d'acquérir de nouvelles connaissances sur leur développement et d'établir de nouveaux protocoles expérimentaux permettant de moduler leur morphogenèse et leur différentiation.

Contexte de travail

L'IBDM situé sur le Campus de Luminy, comprend environ 240 personnes titulaires Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens et non permanents CDD, Post doc, Doctorants, stagiaires répartis sur 21 équipes de recherches et 11 plateaux techniques et services.
L'IBDM est une unité mixte de recherche sous une tutelle du CNRS et de l'AMU, qui explore le domaine de la Biologie du développement et des pathologies qui y sont associées.
L'activité s'exercera au sein de l'équipe « Approches Physiques de la Dynamique Cellulaire et de la Morphogenèse des Tissus » dirigée par Pierre-François Lenne.

L'équipe étant composée de plusieurs nationalités, la pratique de la langue anglaise est indispensable.

Contraintes et risques

La culture de cellules souches embryonnaires nécessite un passage des cellules le week-end. Le/la candidat/te devra prendre part à la rotation permettant de s'occuper des cellules une journée de week-end (samedi ou dimanche) tous les 15 jours en moyenne (2 à 3 heures de travail, les dates sont choisies collectivement avec les autres membres de l'équipe afin d'optimiser les contraintes d'emploi du temps de tout le monde)

Informations complémentaires

Merci d'envoyer un CV, une lettre de motivation et idéalement une lettre de recommandation

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