Ingénieur d’études en biologie (H/F) : Développement d’outils de génétique fonctionnelle et suivi de lignées transgéniques sur anémone de mer Nematostella vectensis

Description du Poste

Les Missions

Un poste d'ingénieur en génomique fonctionnelle en biologie du développement / réponse au stress / régénération / longévité d'une durée d'un an est disponible dans l'équipe Röttinger (https://ircan.org/en/research/eric-rottinger) à l'Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement, Nice (IRCAN), en France.
L'équipe Röttinger s'inspire des caractéristiques biologiques intrigantes des cnidaires (coraux, anémones de mer, etc..), telles que leur haute résistance au stress (ex. irradiance, privation de nourriture), leurs capacités de régénération extrêmes, ainsi que leur longévité prolongée. Le modèle principal étudié dans l’équipe est l’anémone de mer Nematostella vectensis, un modèle émergeant dans ces thématiques (Röttinger, 2021).
La personne recrutée participera aux projets de l’équipe (en particulier l’ANR Telotherm) au travers du développement d’outils de génétique fonctionnelle sur anémone de mer Nematostella vectensis et du suivi de lignées transgéniques. Spécifiquement, l'ingénieur recruté sera responsable des animaux transgéniques et KO présent sur la plateforme ANTIAGE (https://www.ibisa.net/plateformes/antiage-727.html) et de leur caractérisation (génotypage, phénotypage etc), afin de générer des données pour les projets de recherche en cours, finaliser l’implémentation des informations collectées dans une banque de données dédiée à ces transgéniques et de poursuivre le développement de nouveaux outils génétiques pour les projets de l’équipe.
Le développement d’outils génétiques impliquera des approches d'édition du génome de pointe (CRIPSR/Cas9) pour développer des lignées knock-in (KI) et knock-out (KO constitutifs et conditionnels), voire plus classiques via la technique utilisant la meganucléase pour des lignées rapportrices. Les approches génétiques décrites, notamment la transgenèse médiée par une méganucléase ainsi que les stratégies de KIs et de KOs fondées sur CRISPR/Cas9, sont établies et font l’objet de développements croissants au sein de la communauté scientifique travaillant sur N. vectensis.
L’ingénieur recruté sera également formé à la zootechnie relative aux animaux de la plateforme et participera activement aux activités de la plateforme ANTIAGE qui héberge l’ensemble des outils génétiques développés ou en cours de développement. L’ingénieur participera également activement à l’ensemble des réunions de l’équipe (en Anglais), avec les collaborateurs si nécessaires, ainsi qu’aux séminaires internes de l’institut.

L'Activité

- Concevoir et réaliser des approches expérimentales ; choisir, développer et conduire différentes techniques, notamment la transgénése / génie génétique, en adaptant les conditions expérimentales :
- Conduire des expériences de biologie du développement de base selon des protocoles établis (hybridation in situ, immunohistochimie etc.)
- Constructions plasmidiques (clonage, PCR) et design d’amorces pour génotypage et sgRNA
- Préparation des pontes et micro-injections
- Extraction d’ADN et génotypage
- Assurer l'analyse et l'interprétation des résultats en employant les outils adaptés ; assurer la sauvegarde, la transmission, le suivi et la qualité des résultats et expériences.
- Rédiger des protocoles ainsi que les rapports d'expériences (cahier de laboratoire).
- Présenter les résultats, participer à leur diffusion et valorisation.
- Assurer une veille scientifique et technologique en vue du développement de nouvelles méthodologies.
- Participer au maintien et à la gestion des élevages

Votre Profil

Compétences

Nous recherchons un ingénieur fortement motivé, enthousiaste, rigoureux et créatif avec les qualifications, compétences et expertises suivantes :

Qualifications requises :
- Communication courante en anglais (oral/écrit)
- Capacité à transmettre des savoirs et des compétences techniques.
- Grande rigueur scientifique et éthique- capacité à travailler avec précision, méthode et exigence dans l’analyse et le traitement des données
- Excellent sens de l'organisation - capacité à planifier, prioriser et coordonner efficacement les différentes activités et échéances.
- Fort esprit d'équipe - capacité à collaborer efficacement, à partager les informations et à contribuer à la réussite collective.

Qualifications souhaitables :
- Master en sciences (obtenu avant la date de début), de préférence en biosciences moléculaires (biologie moléculaire, cellulaire et du développement, génétique ou génomique).
- Expérience en génomique fonctionnelle et approches associées (ex. Crispr/Cas9, Transcriptomique)
- Formation scientifique en biologie du développement / évolution
- Connaissances générales en biologie et connaissances approfondies en biologie et imagerie cellulaire (imagerie en fluorescence et confocale, microscopie à feuille de lumière…)
- Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité, des symboles et pictogrammes
- Informatique et Bio-informatique
- Compétences en biologie moléculaire et cellulaire (PCR, électrophorèse, extraction d'ADNg, extraction d'ARN, marquage tissulaire etc.)
- Rédaction de rapports/documents scientifiques et techniques
- Utiliser un logiciel spécifique à l'activité (Image J, Imaris etc.)
- Expérience dans les soins et l'expérimentation d'animaux (notamment invertébrés marins)

Votre Environnement de Travail

L’ingénieur recruté rejoindra l'équipe « réponse au stress, régénération et longévité » dirigée par le Dr Eric Röttinger à l'Institut de recherche sur le cancer et le vieillissement de Nice (IRCAN) qui fait partie de la faculté de médecine de Nice. L'IRCAN est affilié au CNRS, à l'Inserm et à l'Université Côte d'Azur (UniCA).

L'équipe Röttinger s'inspire des caractéristiques biologiques intrigantes des cnidaires (coraux, anémones de mer, etc.), telles que leur haute résistance au stress (ex. irradiance, privation de nourriture), leurs capacités de régénération extrêmes, ainsi que leur longévité prolongée. À l'aide d'expertises complémentaires, des approches et plateformes technologiques à la pointe de l’état d’art, les principales recherches de notre équipe interdisciplinaire visent à : A) Caractériser les mécanismes tissulaires, cellulaires et moléculaires qui sous-tendent la régénération du corps entier des cnidaires. B) Comprendre les bases cellulaires, moléculaires et génétiques de l'adaptation aux variations environnementales et de la réponse au stress des cnidaires. C) Déterminer comment les cnidaires préviennent le vieillissement et les maladies associées au vieillissement. Plus d'informations : www.ircan.org/en/research/eric-rottinger

A propos de l'Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement de Nice (IRCAN). Le vieillissement est généralement perçu comme un processus qui résulte de l'influence conjuguée de facteurs constitutionnels ou dits « génétiques », de facteurs liés au mode de vie et d'événements extérieurs. La compréhension de ces multiples interconnexions nécessite une synergie entre de nombreux domaines de la biologie moléculaire, cellulaire ou biomédicale, plus dédiés à l'étude du vieillissement et des maladies liées à l'âge comme le cancer. Dans ce but, l'IRCAN a été créé par l'Université Côte d'Azur (UniCA), l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm) et le Centre national de la recherche scientifique (CNRS). L'IRCAN est situé à la Faculté de Médecine de Nice à proximité immédiate du Centre Hospitalier Universitaire (CHU). Les recherches menées à l'IRCAN concernent les grands domaines de la biologie, de la recherche fondamentale aux applications médicales. Le vieillissement est généralement perçu comme un processus qui résulte de l'influence conjuguée de facteurs constitutionnels ou dits « génétiques », de facteurs liés au mode de vie et d'événements extérieurs. La compréhension de ces multiples interconnexions nécessite une synergie entre de nombreux domaines de la biologie ou de la biologie expérimentale moléculaire, cellulaire ou biomédicale, plus dédiée à l'étude du vieillissement et des maladies liées à l'âge comme le cancer. Dans ce but, les recherches menées à l'IRCAN mobilisent les grands domaines de la biologie, de la recherche fondamentale aux applications médicales, avec pour objectifs d'améliorer notre compréhension du socle commun entre vieillissement et cancer ainsi que de développer des stratégies innovantes pour le maintien en bonne santé. Plus d'informations : www.ircan.org/en/about-the-ircan/presentation.

Contraintes et risques

Les contraintes sont inhérentes aux projets impliquant le travail sur le vivant (notamment cnidaires comme les anémones de mer), avec ses besoins de maintien et soins, ainsi que les temporalités d’échantillonnages. Les risques biologiques et chimiques sont ceux d'un laboratoire de recherche en science de la vie. Une formation Hygiène et Sécurité spécifique à l’IRCAN et le Campus Pasteur sera dispensée par les assistants de prévention de l’IRCAN pour tout nouvel arrivant et les consignes d’Hygiène et Sécurité de l’IRCAN et de l’équipe, devront être suivis.

Rémunération et avantages

Rémunération

Entre 2521€ et 3248€ bruts mensuels selon expérience professionnelle acquise antérieurement

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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Les métiers de la recherche