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Ingénieur spécialisé en métabarcoding H/F


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Informations générales

Référence : UMR7261-AICBEL-010
Lieu de travail : TOURS
Date de publication : lundi 27 juillet 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2437.62 et 2616.16 euros brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Au CNRS, à l'IRBI (Institut de Recherche sur la Biologie de l'Insecte), l'ingénieur·e aura en charge la mise en place de pipelines analytiques de type ADN (méta)-barcoding pour caractériser la biodiversité des insectes forestiers.

Activités

- Analyses de données de métabarcoding et ADN environnemental d'insectes (Principale)
- Préparation de librairies de référence ADN Barcoding (Principale)
- Mise en place de protocoles pour la préparation de librairies pour séquençage à haut débit (Principale)
- Gestion des données NGS (Illumina, MinION et PacBIO) (Principale)
- Rédaction d'articles scientifiques

Compétences

Analyse de la biodiversité par approches de métabarcoding
Maîtrise de R et des outils statistiques pour l'analyse de la biodiversité
Utilisation de mBRAVE et de la base de données BOLD
Capacité à la veille technologique et à interagir avec les biologistes

Contexte de travail

L'ingénieur de recherche exercera son activité au sein de l'équipe IMIP (Fonctionnement et Biodiversité des Interactions Microorganismes-Insectes-Plantes) à l'IRBI. L'IR sera recruté dans le cadre du projet FEDER InFoBioS (Interactions insectes-forêt : une opportunité pour la préservation de la biodiversité et pour la sylviculture de demain) dont les objectifs vise à développer des protocoles d'analyses fiables et adaptés pour caractériser la biodiversité des insectes en milieu forestier et leurs capacités de régulation de services écosystémiques rendus (pollinisation, contrôle des ravageurs, recyclage des éléments nutritifs et régulation du cycle du carbone) et à développer des outils de diagnostics à déployer sur les parcelles forestières expérimentales. L'IR interagira avec les chercheurs utilisant des approches similaires dans le cadre des projets CLIMTREE, LIFEPLAN, POLLEN, CAMPOVIGNE, MIMOSA et IMAgHO. L'IR aura accès à un serveur de stockage et un cluster de calcul récemment mis en place à l'université de Tours. Ce recrutement s'inscrit dans la politique scientifique de l'IRBI de développer une plateforme régionale d'analyse en génomique environnementale.

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