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Portail > Offres > Offre UMR7261-AICBEL-009 - Ingénieur spécialisé en (méta-)génomique et/ou métabarcoding H/F

Ingénieur spécialisé en (méta-)génomique et/ou métabarcoding H/F


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Informations générales

Référence : UMR7261-AICBEL-009
Lieu de travail : TOURS
Date de publication : lundi 27 juillet 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2437.62 et 2616.16 euros brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Au CNRS au laboratoire IRBI de Tours (Institut de Recherche sur la Biologie de l'Insecte), l'ingénieur·e aura en charge la mise en place de pipelines analytiques pour la (méta-)génomique et/ou le métabarcoding d'insectes et microbiotes associés.

Activités

- Analyses de données de (méta-)génomique et/ou de métabarcoding d'insectes et microbiote associés (Principale)
- Rédaction de scripts utilisable par des biologistes (Principale)
- Assemblage de données Illumina et PacBIO (Principale)
- Gestion des données NGS (Principale)
- Rédaction d'articles scientifiques

Compétences

Analyse de la biodiversité microbienne par approches métagénomiques et/ou de métabarcoding
Analyse de données génomiques d'insectes
Maitrise d'au moins un langage de programmation (Python, Bash) et de l'environnement Linux, Maîtrise de R et des outils statistiques pour l'analyse de la biodiversité
Utilisation de la base de données SILVA ou autres bases de données dédiées aux microorganismes
Capacité à la veille technologique et à interagir avec les biologistes

Contexte de travail

L'ingénieur de recherche exercera son activité au sein de l'équipe ESORE (Evolution Sociale et Réponses à l'Environnement) à l'IRBI. L'IR sera recruté dans le cadre du contrat FEDER InFoBioS (Interactions insectes-forêt : une opportunité pour la préservation de la biodiversité et pour la sylviculture de demain) sur des projets de recherche visant à comprendre les dynamiques éco-évolutives des associations hôtes-microbiotes chez les insectes xylophages, en particulier chez les termites européens (Reticulitermes spp.). L'IR travaillera principalement sur des données génomiques d'insectes, ainsi que des données métagénomiques et/ou de métabarcoding (ARNr 16S, 18S, ITS) des communautés microbiennes vivant en symbiose avec les insectes. L'IR aura accès à un serveur de stockage et un cluster de calcul récemment mis en place à l'université de Tours. Ce recrutement s'inscrit dans la politique scientifique de l'IRBI de développer une plateforme régionale d'analyse en génomique environnementale.

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