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Ingénieur spécialisé en métabarcoding H/F


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Informations générales

Référence : UMR7261-AICBEL-007
Lieu de travail : TOURS
Date de publication : vendredi 14 février 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 juin 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2437,62 et 3101.07 euros brut mensuel.
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Au CNRS, à l'IRBI (Institut de Recherche sur la Biologie de l'Insecte), l'ingénieur·e aura en charge la mise en place de pipelines analytiques pour le metabarcoding d'insectes et microbiotes associés.

Activités

- Préparation de banques pour le séquençage ADN à haut débit sur les plateformes illumina et MinION (Principale)
- Analyses de données de métabarcoding d'insectes et microbiote associés (Principale)
- Analyses d'indices de la biodiversité et de réseaux trophiques (Principale)
- Rédaction de scripts utilisable par des biologistes (Principale)
- Assemblage de données Illumina, PacBIO ou MinIon (Principale)
- Gestion des données NGS (Principale)

Compétences

Analyse de la biodiversité par approches métabarcoding
Maitrise d'au moins un langage de programmation (Python, Bash) et de l'environnement Linux, Maîtrise de R et des outils statistiques pour l'analyse de la biodiversité
Utilisation de la base de données BOLD
Capacité à la veille technologique et à interagir avec les biologistes

Contexte de travail

L'ingénieur de recherche en métabarcoding exercera son activité au sein de l'équipe IMIP (Fonctionnement et biodiversité des Interactions Microorganismes Insectes Plantes) à l'IRBI. L'IR sera recruté dans le cadre du projet Région Centre Val de Loire MIMOSA (Mécanismes d'interactions Insectes Microorganismes: une Opportunité pour la Sécurité Alimentaire) qui visent à comprendre les interactions entre ravageurs de cultures, leurs plantes hôtes et les microorganismes associés à ces interactions. L'IR travaillera principalement sur des données portant sur les cortèges d'insectes ravageurs et auxiliaires ainsi que leurs microbiotes dans les grandes cultures (Projets MIMOSA mais aussi projet ANR IMAgHO) et interagira avec les chercheurs utilisant des approches similaires dans le cadre des projets MIRA, POLLEN, CAMPOVIGNE et CLIMTREE. L'IR aura accès à un serveur de stockage et un cluster de calcul récemment mis en place à l'université de Tours. Ce recrutement s'inscrit dans la politique scientifique de l'IRBI de développer une plateforme régionale d'analyse de l'entomofaune par des approches métabarcoding.

Contraintes et risques

Pas de risque identifié

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