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Portail > Offres > Offre UMR7256-ESTGRO-012 - Chercheur-e H/F en caractérisation Caractérisation structurale et fonctionnelle de la machinerie d'assemblage du génome des Mimiviridae

Chercheur-e H/F en caractérisation Caractérisation structurale et fonctionnelle de la machinerie d'assemblage du génome des Mimiviridae

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 1 octobre 2021

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Informations générales

Référence : UMR7256-ESTGRO-012
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : jeudi 16 septembre 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2728 et 3881 € brut selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le laboratoire Information Génomique et Structurale (IGS) offre dans le cadre d'un financement ERC deux postes de Post-doctorant(e) et 2 bourses de thèses. L'un des projets proposé vise à élucider comment le génome des Mimiviridae est assemblé dans les capsides icosaédriques. Etant donné que l'ADN désorganisé doit être transféré au travers d'au moins une membrane lipidique et se retrouve compacté dans une structure hélicoïdale de 30nm de section une machinerie spécifique doit être dédiée à ce processus. Le but final de ce projet sera de comparer cette machinerie d'assemblage avec les machineries de translocation d'ADN utilisées dans le monde cellulaire et viral.

Activités

Un premier objectif du projet sera d'extraire les membranes des capsides purifiées dans le but d'identifier les protéines membranaires (virale et cellulaire) qui la composent. Nous travaillons à ce jour à l'expression d'une enzyme impliquée dans le chargement et la compaction de l'ADN viral conservée dans tous les grands virus à ADN nucléocytoplasmique. Cette enzyme servira d'appât pour identifier les protéines membranaires capables d'interagir afin de les étudier au plan structural et fonctionnel, in vitro et dans les cellules infectées. Le(la) candidat(e) exprimera les protéines identifiées et utilisera des méthodologies standard (nanodisques, cristallisation,Cryo-EM) pour résoudre les structures des protéines individuelles et des complexes pré-assemblés in vitro.

Compétences

- Doctorat en Biologie ou Physique
- Forte expertise en Biologie Structurale et une solide expériences des protéines membranaires: Biochimie, Cryo Microscopie électronique, Cristallographie.
- Nationalité indifférente.

Contexte de travail

Le laboratoire IGS est un pionnier et un leader mondial dans l'étude des virus géants. Nous avons participé à la découverte de Mimivirus, le premier virus géants et découvert les trois autres familles connues. La force du laboratoire IGS réside dans la coexistence d'une équipe de bioinformaticiens et d'une équipe d'expérimentalistes, permettant d'aller de l'isolement de nouveaux micro-organismes à leur caractérisation complète par la combinaison d'approche incluant la génomique, la transcriptomique et de la protéomique. Le laboratoire a également une expertise forte en biologie structurale permettant de déterminer les structures 3D de protéines virales d'intérêt par cristallographie et en combinant la cristallographie et la microscopie électronique.

Contraintes et risques

Les temps de collectes de données synchrotrons (ESRF, Soleil) sont obtenus dans le cadre d'un BAG (Beam Allocation Group) et la personne qui sera recrutée devra à l'occasion des missions collecter des données pour l'IGS mais également pour les autres membres du BAG. Les missions ne sont pas fréquentes mais peuvent parfois avoir lieu la nuit et/ou les week-ends.

Informations complémentaires

Pour appliquer les candidat(e)s doivent soumettre un CV avec la liste complète des publications, une lettre de motivation et au moins une lettre de référence.
Le CDD d'un an pourra être prolongé 2 fois pour une durée totale de 3ans.

Ressources
Le laboratoire est équipé pour la biologie cellulaire (1 L2, 6 PSM, 3 microscopes à fluorescence dont 1 Zeiss Axio); la biochimie (PCR, 1 PSM Microbiologie, 3 incubateurs, 2 Aktä explorer 10S, 1 Aktä 3D, 1 Aktä Prime, Nanodrop, Qubit); la biologie structurale (robot de cristallisation Mosquito, un diffractomètre (Oxford diffraction Xcalibur PXUltra, un speedvac SPD131 ThermoFischer). L'IGS a accès aux 12 plateformes techniques de l'institut de Microbiologie de la Méditerrannée (IMM, AMU-CNRS FR3479, Personnel: 300) dont une plateforme d'imagerie fluorescence et microscopie électronique (TEM, Cryo-TEM), RMN (600 MHz, cryoprobe), Protéomique, Expression de protéines et étude d'interactions (1 Aktä prime, 1 Aktä Pure, 1 BLItz, ITC, Biacore). L'IGS a également accès à la plateforme d'imagerie du campus de Luminy (TEM and STEM) IBDM (Institut de Biologie du Développement de Marseille). L'IGS appartient au BAG SUD et a accès aux synchrotrons (ESRF, Soleil), aux plateformes de microscopie électronique (Titan Krios cryo-electron microscope, K2 Summit direct electron detector, Quantum LS imaging filter and a Volta phase plate VPP). Ces microscopes sont sur la ligne (CM01) (PSB) et à l'IBS et l'EMBL. L'IGS collabore avec le laboratoire de Kay Grünewald laboratory, CSSB (Hambourg) equipé de 5 cryomicroscopes incluant 2 Titan-Krios (300 keV top end, autoloader, DED, energy filter, VPP). L'IGS possède la puissance de calcul nécessaire (cluster de 71Nodes, 156 CPU, 828 Cores, 4700 Go, 150 To).

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