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Postdoctorant H/F en caractérisation Caractérisation structurale et fonctionnelle de la machinerie d'assemblage du génome des Mimiviridae

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR7256-ESTGRO-003
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : lundi 29 juillet 2019
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2750 et 3840 € brut selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le laboratoire Information Génomique et Structurale (IGS) offre dans le cadre d'un financement ERC deux postes de Post-doctorant(e) et 2 bourses de thèses. L'un des projets proposé vise à élucider comment le génome des Mimiviridae est assemblé dans les capsides icosaédriques. Etant donné que l'ADN désorganisé doit être transféré au travers d'au moins une membrane lipidique et se retrouve compacté dans une structure hélicoïdale de 30nm de section une machinerie spécifique doit être dédiée à ce processus. Le but final de ce projet sera de comparer cette machinerie d'assemblage avec les machineries de translocation d'ADN utilisées dans le monde cellulaire et viral.

Activités

Un premier objectif du projet sera d'extraire les membranes des capsides purifiées dans le but d'identifier les protéines membranaires (virale et cellulaire) qui la composent. D'autre part, le génome de Mimivirus contient un gène codant pour une packaging ATPase qui pourrait être l'une des protéines impliquées dans le chargement et la compaction de l'ADN viral. C'est l'un des rares gènes qui soit conservé dans tous les grands virus à ADN nucléocytoplasmique et elle apparait plus proche des moteurs de ségrégation de chromosomes procaryotes que d'autres moteurs d'empaquetage viral, comme les terminases. Cette ATPase sera donc étudiée au plan structural et fonctionnel et sera utilisée comme appât pour identifier ses partenaires membranaire, in vitro et dans les cellules infectées. Avec un(e) doctorant(e), le(la) candidat(e) exprimera les protéines identifiées et utilisera des méthodologies standard (nanodisques, cristallisation,Cryo-EM) pour résoudre les structures des protéines individuelles et des complexes préassemblés in vitro.

Compétences

- Doctorat en Biologie ou Physique
- Forte expertise en Biologie Structurale et une solide expériences des protéines membranaires: Biochimie, Cryo Microscopie électronique, Cristallographie.
- Nationalité indifférente.

Contexte de travail

Le laboratoire IGS est un pionnier et un leader mondial dans l'étude des virus géants. Nous avons participé à la découverte de Mimivirus, le premier virus géants et découvert les trois autres familles connues. La force du laboratoire IGS réside dans la coexistence d'une équipe de bioinformaticiens et d'une équipe d'expérimentalistes, permettant d'aller de l'isolement de nouveaux micro-organismes à leur caractérisation complète par la combinaison d'approche incluant la génomique, la transcriptomique et de la protéomique. Le laboratoire a également une expertise forte en biologie structurale permettant de déterminer les structures 3D de protéines virales d'intérêt par cristallographie et en combinant la cristallographie et la microscopie électronique.

Contraintes et risques

Les temps de collectes de données synchrotrons (ESRF, Soleil) sont obtenus dans le cadre d'un BAG (Beam Allocation Group) et la personne qui sera recrutée devra à l'occasion des missions collecter des données pour l'IGS mais également pour les autres membres du BAG. Les missions ne sont pas fréquentes mais peuvent parfois avoir lieu la nuit et/ou les week-ends.

Informations complémentaires

Pour appliquer les candidat(e)s doivent soumettre un CV avec la liste complète des publications, une lettre de motivation et au moins une lettre de référence.
Le post-doctorat pourra débuter en octobre 2019. Le CDD d'un an pourra être prolongé sur 3 ans.

Resources
Le laboratoroire est équipé pour la biologie cellulaire (1 L2, 6 PSM, 3 microscopes à fluorescence dont 1 Zeiss Axio); la biochimie (PCR, 1 PSM Microbiologie, 3 incubators, 2 Aktä explorer 10S, 1 Aktä 3D, 1 Aktä Prime, Nanodrop, Qubit); la biologie structurale (robot de cristallisation Mosquito, un diffractomètre (Oxford diffraction Xcalibur PXUltra, un speedvac SPD131 ThermoFischer). L'IGS a accés aux 12 plateformes techniques de l'institut de Microbiologie de la Méditerrannée (IMM, AMU-CNRS FR3479, Personnel: 300) dont une plateforme d'imagerie fluorescence et microscopie électronique (TEM, Cryo-TEM), RMN (600 MHz, cryoprobe), Protéomique, Expression de protéines et étude d'interactions (1 Aktä prime, 1 Aktä Pure, 1 BLItz, ITC, Biacore). L'iGS a également accès à la plateforme d'imagerie du campus de Luminy (TEM and STEM) IBDM (Institut de Biologie du Développement de Marseille). L'IGS appartient au BAG SUD et a accès aux synchrotrons (ESRF, Soleil), aux plateformes de microscopie électronique (Titan Krios cryo-electron microscope, K2 Summit direct electron detector, Quantum LS imaging filter and a Volta phase plate VPP). Ces microscopes sur sur la ligne (CM01) (PSB) et à l'IBS et l'EMBL. L'IGS collabore avec le laboratoire de Kay Grünewald laboratory, CSSB (Hambourg) equipé de 5 cryomicroscopes incluant 2 Titan-Krios (300 keV top end, autoloader, DED, energy filter, VPP). L'IGS possède la puissance de calcul nécessaire (cluster de 71Nodes, 156 CPU, 828 Cores, 4700 Go, 150 To).

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