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Postdoctorant H/F en caractérisation de structure du génome des Mimiviridae

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR7256-ESTGRO-002
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : lundi 29 juillet 2019
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2750 et 3840 € brut selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le laboratoire Information Génomique et Structurale (IGS) offre dans le cadre d'un financement ERC deux postes de Post-doctorant(e) et 2 bourses de thèses. L'un des projets proposé vise à élucider l'organisation du génome des Mimiviridae dans les capsides icosaédriques. Des protéines protègent ce génome ADN double brin de 400 µm de long et permettent sa compaction dans une structure hélicoïdale évoquant les nucléoprotéines des phages filamenteux mais de section plus grande (30nm). Cette étude devrait révéler des liens évolutifs entre les Mimiviridae et d'autre structures génomique hélicoïdales utilisées par les phages, les virus d'archaea, ou encore la chromatine cellulaire.

Activités

Un des buts de ce projet est d'optimiser la purification de la structure cylindrique correspondant à la fibre génomique des Mimiviridae dans le but d'identifier les protéines qui la compose par Spectrométrie de Masse Protéomique. Un protocole efficace de relargage est déjà disponible mais doit être optimise en termes de rendements et de pureté. Avec l'appui d'un(e) doctorant(e), le (la) candidat(e) devra exprimer les protéines correspondantes afin de déterminer les structures tridimensionnelles des protéines individuelles par cristallographie et/ou CryoEM. En fonction de la complexité de la composition de la fibre génomique révélée par les études de protéomique, des expériences de co-expression et de reconstitution in vitro seront également réalisées. Enfin, la cryo-électromicroscopie sera utilisée pour résoudre d'une part la structure de la fibre génomique native à haute résolution ainsi que celle de la fibre reconstituée in vitro en l'absence du génome. La collecte de données sera réalisée en collaboration avec le laboratoire de Kay Grünewald (CSSB, Hambourg, Allemagne). Le laboratoire IGS a accès à 2 plateformes d'imagerie photonique et microscopique à Marseille et possède la puissance de calcul nécessaire au traitement des données produites.

Compétences

- Doctorat en Biologie ou Physique
- Forte expertise en Biologie Structurale : Biochimie, Cryo Microscopie électronique, Cristallographie.
- Nationalité indifférente.

Contexte de travail

Le laboratoire IGS est un pionnier et un leader mondial dans l'étude des virus géants. Nous avons participé à la découverte de Mimivirus, le premier virus géants et découvert les trois autres familles connues. La force du laboratoire IGS réside dans la coexistence d'une équipe de bioinformaticiens et d'une équipe d'expérimentalistes, permettant d'aller de l'isolement de nouveaux micro-organismes à leur caractérisation complète par la combinaison d'approche incluant la génomique, la transcriptomique et de la protéomique. Le laboratoire a également une expertise forte en biologie structurale permettant de déterminer les structures 3D de protéines virales d'intérêt par cristallographie et en combinant la cristallographie et la microscopie électronique.

Contraintes et risques

Contraintes: Les temps de collectes de données synchrotrons (ESRF, Soleil) sont obtenus dans le cadre d'un BAG (Beam Allocation Group) et la personne qui sera recrutée devra à l'occasion des missions collecter des données pour l'IGS mais également pour les autres membres du BAG. Les missions ne sont pas fréquentes mais peuvent parfois avoir lieu la nuit et/ou les week-ends.

Informations complémentaires

Pour appliquer les candidat(e)s doivent soumettre un CV avec la liste complète des publications, une lettre de motivation et au moins une lettre de référence.
Le post-doctorat pourra débuter en octobre 2019. Le CDD d'un an pourra être prolongé sur 3 ans.

Resources
Le laboratoroire est équipé pour la biologie cellulaire (1 L2, 6 PSM, 3 microscopes à fluorescence dont 1 Zeiss Axio); la biochimie (PCR, 1 PSM Microbiologie, 3 incubators, 2 Aktä explorer 10S, 1 Aktä 3D, 1 Aktä Prime, Nanodrop, Qubit); la biologie structurale (robot de cristallisation Mosquito, un diffractomètre (Oxford diffraction Xcalibur PXUltra, un speedvac SPD131 ThermoFischer). L'IGS a accés aux 12 plateformes techniques de l'institut de Microbiologie de la Méditerrannée (IMM, AMU-CNRS FR3479, Personnel: 300) dont une plateforme d'imagerie fluorescence et microscopie électronique (TEM, Cryo-TEM), RMN (600 MHz, cryoprobe), Protéomique, Expression de protéines et étude d'interactions (1 Aktä prime, 1 Aktä Pure, 1 BLItz, ITC, Biacore). L'iGS a également accès à la plateforme d'imagerie du campus de Luminy (TEM and STEM) IBDM (Institut de Biologie du Développement de Marseille). L'IGS appartient au BAG SUD et a accès aux synchrotrons (ESRF, Soleil), aux plateformes de microscopie électronique (Titan Krios cryo-electron microscope, K2 Summit direct electron detector, Quantum LS imaging filter and a Volta phase plate VPP). Ces microscopes sur sur la ligne (CM01) (PSB) et à l'IBS et l'EMBL. L'IGS collabore avec le laboratoire de Kay Grünewald laboratory, CSSB (Hambourg) equipé de 5 cryomicroscopes incluant 2 Titan-Krios (300 keV top end, autoloader, DED, energy filter, VPP). L'IGS possède la puissance de calcul nécessaire (cluster de 71Nodes, 156 CPU, 828 Cores, 4700 Go, 150 To).

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