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Portail > Offres > Offre UMR7093-MADWAL-001 - Ingénieur en développement logiciel et administration de système d'information (DevOps) pour l'imagerie du plancton (H/F)

Ingénieur en développement logiciel et administration de système d'information (DevOps) pour l'imagerie du plancton (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mardi 7 février 2023

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Informations générales

Référence : UMR7093-MADWAL-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VILLEFRANCHE SUR MER
Date de publication : mardi 17 janvier 2023
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2236.01€ et 2841.67€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Du fait d'une activité importante ces dernières années, l'équipe a monté une infrastructure de gestion de données et de calcul ainsi que développé divers logiciels métier associés. Les missions de la personne recrutée seront de (1) spécifier puis développer et/ou suivre la sous-traitance de pipelines logiciels de transfert de données entre les instruments et ces bases/logiciels (volet "Dev") et (2) d'assurer la maintenance, la mise à jour et le monitoring de l'infrastructure qui recevra ces données (volet "Ops").

Activités

Activités principales :
- Dev: spécification et développement d'applications métiers pour le traitement d'images et de métadonnées associées; codage et suivi de sous-traitants.
- Ops: installation, mise à jour et suivi de systèmes d'exploitation et d'applications sous Linux

Autres activités : Discussions avec les membres de l'équipe et ses partenaires scientifiques pour l'identification des besoins. Formations possibles dans le cadre de la formation permanente pour la montée en compétence sur les domaines du poste non-maîtrisés.

Compétences

Connaissances transversales requises :
- pilotage et réalisation de projets de développement d'applications métiers
- méthodes de mise en production d'applications
- diagnostic et résolution de problèmes applicatifs et du système d'exploitation
- langage de programmation et d'administration système
- principes de sécurité de l'information et de sauvegarde
- Anglais technique

Savoir-faire : (par ordre décroissant d'importance; il est improbable que tout soit maîtrisé par une seule personne)
- programmation d'application (a priori web, en Python+JavaScript ou TypeScript) [maîtrise]
- administration système sous Linux [maîtrise]
- déploiement d'applications via Docker
- outils de calcul scientifique (JupyterHub, RStudio; gestionnaires de packages)
- diagnostic et maintenance de bases de données PostgreSQL
- utilisation de git (et GitHub)

Savoir-être :
- attrait pour le travail en équipe réduite (2 autres développeur·ses dans l'équipe) ce qui implique un côté touche-à-tout et une prise de responsabilité
- intérêt pour l'écologie (marine) et appétence pour les discussions avec des utilisateurs non-spécialisés dans les développements informatiques pour comprendre leurs besoins

Contexte de travail

Sorbonne Université:
Pour transmettre les connaissances, comprendre le monde et relever les défis du 21e siècle, une nouvelle université est née le 1er janvier 2018, issue de la fusion entre les universités Paris-Sorbonne et Pierre et Marie Curie. Sorbonne Université est une université pluridisciplinaire, de recherche intensive et de rang mondial. Ancrée au cœur de Paris, présente en région, elle est engagée pour la réussite de ses étudiants et s'attache à répondre aux enjeux scientifiques du 21e siècle. www.sorbonne-universite.fr

Le Laboratoire d'Océanographie de Villefranche (LOV ; http://lov.obs-vlfr.fr/) est situé près de Nice, sur la Côte d'Azur, dans l'une des trois stations marines de Sorbonne Université. Avec environ 90 employés, le LOV génère et analyse une grande quantité de données marines, notamment des données d'imagerie, génomiques et satellitaires, pour étudier l'océan.

L'équipe COMPLEx (COMPutational PLAnkton Ecology) compte une quarantaine de membres qui étudient le plancton marin en collectant des données avec des instruments d'imagerie quantitative et de la génomique à haut débit, qui viennent alimenter des méthodes d'analyse numérique (modélisation, statistiques, apprentissage automatique). Le plancton englobe tous les organismes dérivant avec les courants marins. Ces organismes produisent une partie de l'oxygène que nous respirons, stockent le carbone que nous émettons, nourrissent les poissons que nous mangeons ; le plancton est donc un élément constitutif majeur de l'écosystème terrestre. COMPLEx interagit fortement avec la Plateforme d'Imagerie Quantitative de Villefranche (PIQv ; https://sites.google.com/view/piqv), qui supervise l'opération des outils que l'équipe développe. Ces outils incluent des capteurs d'imagerie, tels que l'Underwater Vision Profiler (UVP) ou le ZooScan. L'UVP6 est notamment en cours d'intégration sur des plateformes autonomes (i.e. des robots sous-marins) qui permettent de collecter des données à une échelle sans précédent. Mais ces outils incluent également un nombre croissant de logiciels : ZooProcess et UVPapp pour traiter les données produites par les instruments, EcoTaxa (https://ecotaxa.obs-vlfr.fr/) qui utilise le machine learning pour aider les taxonomistes à trier de grandes quantités d'images de plancton (actuellement ~250 millions), EcoPart (https://ecopart.obs-vlfr.fr/) qui stocke et affiche les données collectées dans le monde entier par l'UVP (plus de 18,000 mises à l'eau de l'instrument), etc. Nous avons une longue expérience d'interaction avec des informaticiens et des ingénieurs, dans le monde universitaire mais aussi dans le secteur privé, pour développer ces outils.

Plus spécifiquement, la personne recrutée travaillera dans le contexte de plusieurs projets nationaux et internationaux: FUTURE-OBS, un projet national pour l'observation des écosystèmes côtiers; iMagine, un projet Européen pour l'utilisation d'images en sciences aquatiques; BlueCloud2026, un projet Européen pour la centralisation et l'échange de données entre les bases Européennes.

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