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Contrat post-doc H/F pour développement de méthodes de cryo-microscopie électronique et spectroscopie pour l'étude des vésicules extracellulaires à l'interface du tissu osseux et de son microenvironnement

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 9 décembre 2020

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Informations générales

Référence : UMR6502-PATABE-002
Lieu de travail : NANTES
Date de publication : mercredi 18 novembre 2020
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2675 et 3977 euros bruts mensuels, selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Ce projet vise à développer et à appliquer des techniques de cryo-microscopie électronique et de spectroscopie pour étudier les vésicules extracellulaires (VE) impliquées dans les processus de remodelage et de réparation des os. Les VE sont produites dans le tissu osseux en réponse à de nombreux stimuli. Elles sont des acteurs clés de la communication entre cellules et leur rôle fonctionnel dépend de leur cargo moléculaire, qui comprend du contenu protéomique. Lors d'une lésion osseuse, des signaux de réparation de l'os sont déclenchés. Ces signaux, qui n'ont pas encore été entièrement résolus, pourraient impliquer différents types de cellules osseuses et la production de VE. Les ostéocytes qui représentent plus de 95% de toutes les cellules osseuses, sont considérés comme des régulateurs majeurs de la masse osseuse et jouent un rôle important dans l'homéostasie osseuse et le maintien de l'intégrité de l'os. D'autres types de cellules, les ostéoblastes, les cellules productrices de la matrice osseuse, synthétisent du collagène réticulé dense et des protéines qui composent la partie organique non minéralisée de la matrice osseuse (l'ostéoïde) avant la maturation du tissu osseux. La dégradation du tissu osseux et les microfissures affectent différents types de cellules osseuses, mais visent particulièrement les ostéocytes. Il est donc très important de comprendre le rôle des VE sécrétées par les cellules osseuses sur les processus de réparation du tissu osseux. Des questions telles que la localisation spécifique, en conditions in vivo, des différentes VE ainsi que des informations sur leurs cargos restent encore sans réponse. Dans ce contexte, des acquisitions d'imagerie 3D à haute résolution de l'ultrastructure des ostéoblastes et des ostéocytes par des techniques d'imagerie par microscope électronique à balayage (MEB) en série (volume EM) ont déjà été réalisées, y compris des composants des tissus osseux mous et durs à température ambiante. Des reconstructions 3D du réseau d'ostéocytes et du réseau lacuno-canaliculaire avec une résolution spatiale de plusieurs dizaines de nanomètres ont déjà pu être obtenues. Ce projet a l'ambition d'élucider la localisation précise et le contenu chimique des différentes vésicules spécialisées dans l'os par une approche de cryo-microscopie analytique avancée. Des méthodes seront mises au point pour résoudre l'ultrastructure des ostéocytes avec une résolution suffisante pour identifier les extracellulaires VE.

Activités

Vous développerez des méthodes d'acquisition et de transfert (système de congélation à FIB/SEM et FIB/SEM à TEM) ainsi que d'analyse de données cryogéniques 3D FIB/MEB et les appliquerez à l'identification de vésicules spécialisées qui peuvent être impliquées dans le remodelage et la réparation des os. Les tâches comprennent la préparation d'échantillons par congélation à haute pression / immersion des sections d'os et la mise au point de la préparation pour l'observation par cryogénie FIB (et par cryo-FIB « lift out »).
Vous analyserez le contenu chimique des différentes vésicules spécialisées ainsi que des systèmes modèles, en utilisant des méthodes d'acquisition et d'analyse par cryo-EDS à ultra faible dose et par cryo-EELS à détection directe.
Vous aurez accès à des moyens uniques d'imagerie et de microscopie électronique analytique au sein de l'IMN. Un FIB nouvellement acquis (ZEISS Crossbeam 550L) avec des capacités EDX et cryogéniques servira à l'imagerie, à la spectroscopie 3D des biomatériaux et aussi à la préparation de fines lamelles qui seront ensuite analysées au microscope électronique en transmission dans des conditions cryogéniques. Le Nant'Themis (S)TEM (Thermo Fisher Scientific Themis Z G3) sera utilisé pour l'analyse par microscopie électronique en transmission à balayage (STEM) et par spectroscopie de perte d'énergie des électrons (EELS). Ce microscope est équipé d'un porte-objet cryo (-178 °C), d'un mode à faible dose et de détecteurs très sensibles (détection directe des électrons) couplés à un spectromètre EEL.
De nouvelles sections d'os contenant des interfaces actives d'intérêt seront fournies grâce à une étroite collaboration avec les Pr. Valérie Geoffroy et Dr. Angélique Galvani (INSERM U1229, Université de Nantes, RMeS - équipe REGOS). Une forte collaboration au sein de l'équipe PMN de l'IMN est également attendue avec le Pr. Jean Le Bideau (UMR 6502, IMN - groupe PMN).
Cette mission, d'une durée initiale de 18 mois, pourrait être prolongée dans le cadre d'un autre projet.

Compétences

Vous êtes titulaire d'un doctorat en sciences de la vie, en physique, en ingénierie ou dans une discipline connexe.
Vous avez une excellente expérience en microscopie électronique à balayage et en faisceau d'ions focalisés, FIB/MEB (instrument et logiciel), en traitement d'images et en préparation d'échantillons par FIB « lift out », ainsi que dans l'analyse quantitative des images.
Vous avez plusieurs années d'expérience en méthodes cryogéniques et en reconstruction de données 3D FIB-SEM.
Vous avez appliqué ces techniques à des matériaux sensibles aux faisceaux d'électrons.
Vous êtes enthousiaste et très intéressé(e) par la réalisation de travaux expérimentaux précis en utilisant des équipements de pointe, des plans d'expérience ainsi que des méthodes de traitement des données.
Vous souhaitez réaliser un projet interdisciplinaire avec de futures applications cliniques.
Vous êtes orienté(e) vers la qualité, consciencieux(se), créatif(ve) et aimez le travail collaboratif, vous avez un goût pour la rigueur scientifique.
Vous êtes capable de communiquer avec différents publics et avez un niveau d'anglais élevé.
Vous êtes familier avec l'interaction avec des biologistes.
Une expérience en optique instrumentale, en préparation et transfert des lames MET cryo par cryo-FIB « lift out » et des connaissances en recherche sur les vésicules extracellulaires et/ou en biologie moléculaire cellulaire seraient un plus, sans que cela soit obligatoire.

Contexte de travail

Ce postdoc est financé dans le cadre d'un projet ANR JCJC (VINCI, coordonné par : P. Abellan).
Le laboratoire d'accueil est l'Institut des matériaux Jean Rouxel (IMN, UMR 6502, http://www.cnrs-imn.fr). L'IMN est une unité mixte de recherche CNRS - Université de Nantes, composée de plus de 200 personnels dont environ 120 permanents et 80 doctorants et post-doctorants. Le/la chercheur(se) postdoctoral bénéficiera de l'interaction avec de nombreux collègues travaillant dans plusieurs domaines des sciences de la matière grâce à des expériences utilisant une grande variété de techniques de caractérisation avancées et des simulations. Dans le cadre du projet VINCI, la personne recrutée fera partie d'un groupe de microscopie électronique avancée, visant à élucider la structure et la composition des matériaux jusqu'à l'échelle atomique, en utilisant les capacités de microscopie électronique de pointe nouvellement acquises dans les Pays de la Loire. Au sein de l'IMN, le/la post-doctorant(e) rejoindra l'équipe PMN (Physique des matériaux et des nanostructures), dans le cadre d'un axe de recherche visant à l'étude des biomatériaux et de leurs interfaces à l'échelle nanométrique.
La personne retenue collaborera étroitement avec le laboratoire de "Regenerative Medicine and Skeleton" (RMeS, UMR Inserm U1229, https://rmes.univ-nantes.fr). Le laboratoire RMeS est une unité mixte de recherche (Inserm, Université de Nantes, Oniris) et un centre d'excellence et leader national en matière de vieillissement du squelette et de médecine régénérative. Ses thématiques vont de l'étude des mécanismes qui régissent le développement, la croissance et le vieillissement du cartilage osseux et articulaire à la mise au point de stratégies innovantes de traitement du squelette en 4R (Replacement, Réparation, Régénération, Reprogrammation). Les travaux à RMeS seront entrepris au sein de l'équipe REGOS ("Regenerative medicine of bone tissues"), axée sur les aspects moléculaires du vieillissement et de la pathophysiologie osseuse et sur le développement de biomatériaux hybrides pour la médecine régénératrice osseuse.
Les deux laboratoires sont situés à Nantes, avec une connexion possible par transports publics (20 min, ligne directe de tram).

Contraintes et risques

Pas de contraintes ni de risques spécifiques

Informations complémentaires

Pour toute information complémentaire sur le projet et / ou le processus de recrutement, veuillez contacter Dr. Patricia Abellan (patricia.abellan@cnrs-imn.fr). Toutes les candidatures doivent être envoyées par le « portail emploi CNRS » et doivent inclure un CV et une lettre de motivation.

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