Missions

Organiser la collecte et réaliser la gestion et le traitement de données issues de la recherche en sciences du vivant
Analyses bioinformatiques des données issues des projets de l’équipe et de collaborations avec des équipes externes
Compte rendu sous forme de rapports et présentations orales, interactions avec les membres de l’équipe pour guider et encadrer les analyses.

Activités

Mettre en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données
Réaliser le traitement, l’analyse et l’interprétation des données omiques (génomiques, transcriptomiques, ChIP-Seq, Meta génomique/transcriptomique, Méthylome, DNA-Seq)
* Organiser la mise en forme et le stockage des données
* Mettre en place des Plans de Gestion des Données
* Adapter les applications informatiques aux besoins du projet
* Développer de nouveaux outils d’analyse en fonction des besoins des projets
* Documenter et pérenniser le travail effectué
* Conseiller et former, en interne, aux outils développés (principes et mise en œuvre)
* Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité
* Diffuser et valoriser les résultats sous forme de publications, de posters ou de présentations orales

Compétences

Savoirs / connaissances
• Maitriser les outils d’analyse bioinformatique de type omique
• Bonne connaissance des fonctions de base de Git
• Maitriser l’environnement Linux
• Utiliser les fonctions de base de Git
• Avoir des connaissances générales en biologie
• Avoir un bon niveau d’anglais écrit et oral
Savoir-faire
• savoir mettre en œuvre des techniques d’analyse bio-informatique
• capacité à adapter les techniques aux besoins de l’équipe
• savoir utiliser un cluster de calcul
• savoir mettre en place et maintenir des serveurs Web applicatifs publics
• Savoir rendre compte (rédaction de rapports et exposé oral)
Savoirs-être
• Sens de l'organisation
• Méthode et rigueur dans le travail
• Curiosité intellectuelle
• Sens relationnel et savoir travailler en équipe
Environnement technique du poste
• Informatique
Environnement Linux (Ubuntu, Debian, CentOS), développement (Python, Bash, awk…), versionnement de code (Git), calcul sur clusters (SGE, SLURM), administration de systèmes virtualisés.
• Bioinformatique
Outils de référence (Samtools, Bedtools, Deeptools...), contrôle qualité NGS (FastQC, Trim Galore...), alignement de séquences (BLAST, minimap2, Bowtie…), assemblage de génomes (Flye, Canu, SPAdes, GCPP, Pilon, BUSCO, QUAST…), annotation de génomes procaryotes (DFAST, Prokka...), analyse différentielle d’expression de gènes (DESeq2), peak-calling (MACS2, SICER2...), variant calling (GATK, BCFtools, VCFtools...), metabarcoding (SAMBA), analyse de méthylation (Bismark, Modkit, mbtools...), génétique des populations (ANGSD, ADMIXTURE, PLINK...), analyse de répétitions génomiques (RepeatMasker, REPET...), basecalling Nanopore (Dorado), statistiques et présentation des résultats (R), représentations interactive de données génomiques (Jbrowse2, Krona).

Contexte de travail

L’unité en Sciences Biologiques et de Biotechnologies (US2B UMR 6286), en cotutelle avec Nantes Université et le CNRS, est un laboratoire structuré autour de 5 équipes de recherche, d'une plateforme expérimentale et d'une cellule de compétences. L’US2B mène des recherches fondamentales et appliquées centrées sur les protéines et met en œuvre des approches biochimiques, moléculaires et cellulaires

Contraintes et risques

Aucune