Missions

Ce poste est ouvert dans le cadre le l’ANR EmergeNS dont l’objectif est de comprendre, à travers des modèles mathématiques et informatiques, le rôle qu’ont pu jouer l’autocatalyse, la multistabilité et l’hétérogénéité spatiale dans l’émergence de la sélection naturelle. Dans ce projet, nous nous intéressons donc à des systèmes chimiques prébiotiques, avec le prisme de théories classiques en écologie et en évolution (interactions écologiques, dynamique d’invasion, hérédité non-génétique).
Dans ce cadre, l’un des aspects les plus pertinents des systèmes prébiotiques ouverts est leur tendance à rester bloqués dans certaines configurations stationnaires. Dans un environnement homogène, les configurations les plus rencontrées seront celles qui montrent la stabilité la plus grande. Si différentes localités peuvent être dans des configurations différentes, alors d’autres caractéristiques pourraient influer sur la probabilité de rencontrer chaque configuration, liées à leurs capacités à envahir les localités voisines.
La personne recrutée aura pour mission de développer des outils mathématiques et informatiques visant à (i) identifier les configurations stables possibles, (ii) caractériser leur stabilité dans un contexte homogène, en particulier les probabilités de transitions entre ces configurations, (iii) identifier comment le voisinage (dans un contexte spatialisé) influence les configurations stables et leur stabilité, (iv) simuler la dynamique de certains systèmes d’intérêt dans un contexte spatialisé.

Activités

La personne recrutée devra :
- développer des outils d’analyse de systèmes chimiques multistables, en mettant à profit des méthodes récentes (action functional gradient descent, Gagrani & Smith Phys. Rev. E 2023)
- developper un modèle permettant de prendre en compte l’influence du voisinage sur la stabilité de différentes configurations stables
- étudier des systèmes jouets dont les paramètres permettent de modifier la stabilité et les capacités d’invasion de différentes configurations stables
- développer un outil de simulation spatialisé permettant de tester des scénarios établis à partir des approches ci-dessus
- intégrer l’ensemble de ces outils dans la plateforme EmergeNS, en vue d’une mise à disposition libre

Compétences

Savoirs / connaissances
- Expérience avérée de modélisation mathématique des systèmes dynamiques
- Bases solides en écologie et évolution théoriques ET/OU en physique théorique

Savoir-faire
- Expérience en programmation informatique, si possible orientée objet (idéalement C++)
- Expérience dans la modélisation de systèmes chimiques complexes, et/ou dans l’analyse mathématique / informatique des systèmes dynamiques multistables

Savoir-être
- Respecter les règles de la vie au laboratoire, chacun et chacune dans sa diversité
- Participer aux réunions d’équipes et aux séminaires du laboratoire

Contexte de travail

La personne recrutée rejoindra l’équipe Evolution, Adaptation, Comportement du LBBE, à laquelle Etienne Rajon (MCU) appartient. L’équipe dédiée au projet est répartie sur différents sites : Denis Kuperberg est CR CNRS au LIP, ENS Lyon, et Sylvain Charlat est CR CNRS au laboratoire PIMIT à Saint-Denis de la Réunion. La personne recrutée sera amenée à interagir fréquemment avec Iris Magnier--Papillon, en thèse sur d’autres aspects du projet au LIP et avec d’autres étudiants qui seront recrutés au cours du contrat. Nos interactions se font systématiquement en visio avec la Réunion, mais les membres lyonnais du projet se rencontrent régulièrement.

Le LBBE bénéficie d’un support informatique hors du commun. Le pôle informatique (https://lbbe.univ-lyon1.fr/fr/pole-informatique) organise fréquemment des formations et accompagne sur demande des projets de programmation. De plus, le laboratoire maintient un cluster de calcul d’environ 1200 nœuds, auquel la personne recrutée aura accès.

Enfin, le LBBE est un laboratoire très divers thématiquement, offrant un large panel d’animations scientifiques (séminaires, etc.). Les non-permanents du laboratoire sont organisés en une association (https://lbbe.univ-lyon1.fr/fr/les-pinsons-migrateurs) et organisent régulièrement des séminaires et autres animations. Enfin, un groupe de travail sur la modélisation mathématique débute au laboratoire, auquel la personne recrutée pourra prendre part.

A tout cela s’ajoute :
• Un accompagnement professionnel avec des formations internes au laboratoire
• La possibilité de télétravailler
• Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant.
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%)
+ forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Un site accessible en transport en commun (Tram T1 + T4 + bus)
• 44 jours de congés / RTT par an
• Participation financière au frais de mutuelle