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Chercheur post-doctorant (H/F) pour l'étude de l'origine et de l'évolution des Archaea par des approches phylogénomiques (programme de recherche ANR Archevol)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR5558-NATARB-003
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : vendredi 17 mai 2019
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2643 et 3766 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Le/la post-doc recruté/e participera au programme de recherche ANR Archevol. Le projet a pour objectif l'étude de l'origine et de l'évolution ancienne des Archaea. Dans le cadre de ce projet, plusieurs questions importantes seront abordées, comme la position des phylums-candidats récemment décrits et qui pour certains pourraient se brancher profondément au sein des Archaea, la position de la racine, la nature du dernier ancêtre commun aux archées, les changements majeurs survenus au niveau des génomes et les changements cellulaires qui ont accompagné les premières étapes de la diversification des Archaea. La question des liens génétiques entre Archaea et Eucarya sera également abordée.
Dans le cadre de ce projet, le/la post-doc recruté/e va participer au développement d'approches phylogénomiques innovantes et à la pointe dans ce domaine afin de surmonter les défis liés, d'une part à l'analyse d'évènements évolutifs très anciens, et d'autre part au traitement d'ensembles de données de séquences de plus en plus volumineux. Plus précisément, la personne recrutée sera en charge de la gestion des bases de données de séquences associées au projet et du développement des pipelines phylogénomiques.

Activités

- Reconstruction à large échelle de familles de séquences homologues (PI, activité principale)
- Développement de pipelines phylogénomiques (PI, activité principale)
- Analyses de génomique comparée (Support, tâche secondaire)
- Encadrement d'étudiants (Support, tâche secondaire)

Compétences

- Maîtrise des méthodes d'analyse en phylogénomique – niveau avancé ;
- Maîtrise des méthodes d'analyse en génomique comparée – niveau avancé
- Maîtrise de la programmation – niveau avancé
- Connaissance des biostatistiques – bon niveau
- Gestion de bases de données – niveau basique
- Connaissance de l'écologie microbienne – niveau basique
- Maîtrise de l'anglais – niveau C1

Contexte de travail

Le/la post-doc rejoindra l'équipe Bioinformatique, Phylogénomique et Génomique Evolutive (BPGE), du Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE) (http://lbbe.univ-lyon1.fr/-Equipe-Bioinformatique-Phylogenie-.html?lang=en).
Le LBBE est localisé sur le campus Lyon-Tech la Doua (43 boulevard du 11 novembre 1918, F-69622 Villeurbanne). Il regroupe 200 personnels et est leader dans le domaine de la biologie évolutive. La recherche qui y est développée repose sur une méthodologie, qui affirme l'importance de la modélisation tant mathématique qu'informatique, dans les sciences du vivant et médicales et s'inscrit dans une perspective évolutive multi-échelle allant des molécules aux communautés compexes.
Le post-doc travaillera sous la supervision du Pr Céline Brochier-Armanet. Il bénéficiera de la grande expertise de l'équipe BPGE dans les domaines de la bioinformatique et de la phylogénomique. Il sera amené à collaborer avec Manolo Gouy et Jean-Pierre Flandrois au sein de l'équipe BPGE mais aussi avec les membres du groupe Biologie évolutive de la cellule microbienne dirigé par DR Simonetta Gribaldo à l'Institut Pasteur (https://research.pasteur.fr/en/team/evolutionary-biology-of-the-microbial-cell/). En tant que membre du LBBE, le/la post-doc aura accès à toutes les ressources du laboratoire et au cluster de calcul du pôle Rhône-Alpes de bioinformatique (PRABI) (PRABI, http://www.prabi.fr/).

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