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Portail > Offres > Offre UMR5546-GUIMAR-003 - H/F ingénieur de recherche (IR) en développement logiciel d'analyse métabolomique

H/F ingénieur de recherche (IR) en développement logiciel d'analyse métabolomique


Date Limite Candidature : jeudi 7 juillet 2022

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Informations générales

Référence : UMR5546-GUIMAR-003
Lieu de travail : CASTANET TOLOSAN
Date de publication : jeudi 16 juin 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 15 septembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2462 et 2641 euros bruts mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Supérieur à bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Dans le cadre du work package 4 (WP4) du projet d'infrastructure nationale MetaboHUB 2.0 (FRANCE 2030) intitulé : Ressources spectrales pour l'annotation et l'extension de la couverture du métabolome, l'objectif sera de mettre en place des outils dédiés à l'analyse des données multiplexées. En s'appuyant sur le paquet MS-CleanR (https://github.com/eMetaboHUB/MS-CleanR), la personne recrutée devra implémenter des algorithmes pour la déconvolution, le traitement et la concaténation de données provenant de détecteurs en ligne (LC/MS/DAD/IMMS.). Les données expérimentales seront acquises sur la plateforme Metatoul-AgromiX comprenant une UHPLC-HRMS Q-Ex+ et un IMMS-QTOF.

Activités

La personne recrutée sera responsable du développement et de la publication d'un nouveau workflow et package pour la communauté scientifique. Il/Elle assurera l'animation de la communauté MetaboHub en lien avec le WP4. Il/Elle participera à la maintenance et au développement de la plateforme metatoul-AgromiX.

Compétences

Doctorat en informatique ou bioinformatique
Maitrise des langages de programmation scientifique : R, python et Knime
Intérêt pour la chimie analytique et la spectrométrie de masse
Maitrise de l'anglais scientifique

Contexte de travail

La plateforme MTH-Metatoul-AgromiX fait partie du réseau des plateformes Metatoul qui traitent de la métabolomique et de la fluxomique. L'équipe AgromiX développe des outils informatiques et des méthodes d'analyses du métabolisme végétal. Elle assure par ailleurs des prestations analytiques pour des partenaires académiques et privés. La plateforme est hébergée au LRSV (Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales) à Castanet Tolosan (31) avec un parc instrumental comprenant une UHPLC-CAD-DAD-QEx+, une UHPLC-QTrap et un GCMS. L'acquisition d'un UHPLC-IMMS-QTOF est prévue pour la fin de l'année 2022. L'équipe comprend 3 personnels permanents (1IE, 2 MCU) et 4 CDD.

Contraintes et risques

Manipulation de solvant organique sous sorbonne pour la préparation des échantillons.

Informations complémentaires

Sites en lien avec le projet:
https://www.lrsv.ups-tlse.fr/metatoul/
https://www6.toulouse.inrae.fr/metatoul
https://www.metabohub.fr/
https://github.com/eMetaboHUB/MS-CleanR

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