Missions

L'ingénieur concevra, développera, testera des pipelines et logiciels d'analyse de données biologiques dans le cadre de projets scientifiques menés en collaboration avec des biologistes moléculaires et médecins. L'objectif concret du poste vise à permettre des analyses novatrices en bioinformatique sur des données réelles et à développer des solutions informatiques fiables, robustes et efficaces grâce à un code informatique de qualité.

Activités

* Activités principales
- Étudier la problématique et évaluer la pertinences de potentiels outils existants
- Recueillir les besoins et définir la stratégie de réponse la plus adaptée
- Concevoir, développer et tester une solution sous forme de pipeline structuré afin d'assurer la reproductibilité des analyses
- Mettre en oeuvre la solution sur des environnements de calcul dédiés et assurer la qualité des résultats obtenus
- Développer une interface pour l'utilisation de la solution ou la présentation des résultats
- Synthétiser et présenter les résultats de façon adaptée au public

* Activités secondaires :
- Participer à l'encadrement d'étudiants
- Aider à la formation continue de professionnels
- Participer à l'animation des groupes de travail locaux ou nationaux
- Possibilité de missions en France ou à l'étranger

Compétences

Compétences et qualités
- Conception, développement et test de programmes (langages : python, C++)
- Développement de pipeline et d'interface de visualisation
- Utilisation et connaissance avancée des systèmes Linux
- Machine learning
- Algorithmique pour la bioinformatique
- Capacités de rédaction et de communication en contexte pluridisciplinaire
- Maîtrise de l'anglais.
- Clarté et rigueur scientifique

Contexte de travail

L'équipe de bioinformatique du LIRMM est impliquée dans des projets de cancérologie et de biologie moléculaire du cancer afin d'étudier les mécanismes d'acquisition de résistance et la régulation génique par la transcription, la traduction des ARN et leurs modifications chimiques post-transcriptionnelles. Pour un aperçu voir par ex. Relier et al. Nature Communication. 2021, Therizols et al Nature Communication. 2022, Relier et al. ACS Analytical Chemistry 2022, Chalabi-Dchar et al BioRXiv 2024). Les types de données analysées comprennent du séquençage à haut débit (transcriptome, traductome, épitranscriptome), de la spectrométrie de masse, des données médicales.

La plateforme de service en bioinformatique ATGC, créée, hébergée et maintenue par l'équipe, offre des services en ligne, des logiciels, de l'accompagnement de projet de recherche. ATGC accueille 12000 utilisateurs uniques pour 160 000 heures de calcul par an. Elle est plateforme fondatrice et membre de l'Institut Français de Bioinformatique, et de France Génomique depuis leurs créations. Les outils développés par l'ingénieur ont vocation à être exploités, diffusés, partagés sur la plateforme et à travers ces infrastructures nationales.


Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Travail informatique, utilisation d'un écran