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Portail > Offres > Offre UMR5309-JULMON-001 - Ingénieur-e d'étude en bioinformatique/analyse de données (H/F)

Ingénieur-e d'étude en bioinformatique/analyse de données (H/F)


Date Limite Candidature : mercredi 13 juillet 2022

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Informations générales

Référence : UMR5309-JULMON-001
Lieu de travail : LA TRONCHE
Date de publication : mercredi 22 juin 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 août 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : à partir de 2109,46
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Les leucémies aiguës myéloïdes (LAM) sont des proliférations malignes de cellules leucémiques au pronostic sombre. Lors du diagnostic, un score pronostique EuropeanLeukemiaNet (ELN 2017) est réalisé permettant d'adapter la stratégie thérapeutique (i.e. indication d'une greffe…). Le score « MitoLAM » est un score pronostique basé sur l'analyse du génome mitochondrial permettant une stratification pronostique.
Les missions du (de la ) canditat(e) sont de :
-Valider le score dans des cohortes de patients internationaux
-Valider le score à partir de prélèvements sanguins
- Valider le score dans le suivi de la maladie
-Valider le score dans d'autres pathologies cancéreuses

Activités

- Mise en place du pipeline d'analyse d'ADN mitochondrial à partir de données de séquencage Illumina, données WGS ou ciblées
- Détermination des haplogroupes,
- Analyses de variants,
-Vérification du séquencage via IGV,
-Statistique de survie.
-Comparaison aux scores pronostiques de l'ELN
Environ 2000 interprétations seront réalisées. Puis une recherche d'optimisation de l'analyse des données sera réalisée.

Compétences

Description des compétences (savoir faire)
o Compétences bioinformatiques notamment analyses génomiques , mise en place d'un pipeline, analyses du séquencage (IGV) et des variants
o Compétences en analyse statistique (kaplan-meier, cox regression)
• Niveau d'étude (formation)
• Diplôme d'ingénieur ou équivalent
• Savoir être attendu :
• Communication, Ecoute, Autonomie, Organisation, Rigueur
Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Contexte de travail

L'institut pour l'avancée des biosciences (IAB) est une UMR CNRS 5307 INSERM U1209 UGA de renommée internationale dans la recherche biomédicale fondamentale et translationnelle basé à Grenoble. L'IAB a été créé en 1997. Il rassemble 300 enseignants-chercheurs, médecins, ingénieurs, doctorants et post-doctorants ainsi que personnels techniques et administratifs. Les thématiques portent sur l'épigénétique, la recherche clinique pour les maladies chroniques et le cancer. L'IAB est situé sur le campus santé de l'UGA, allée des Alpes, 38700 La Tronche.La personne recrutée en CDD rejoindra le Laboratoire Institut pour l'Avancée des Biosciences (IAB), UMR CCNRS INSERM UGA sous la direction de Pierre Hainaut . Julie Mondet porteur du projet, est rattachée à l'équipe signalisation cellulaire et épigénétique dirigée par S Khochbin. Vous interagirez en binome avec le porteur de projet pour recueillir les éléments du cahier des charges . Ce recrutement s'intègre dans le cadre du projet « MitoLAM », soutenu par le CNRS valorisation et LINKSIUM, www.linksium.fr, la SATT Grenobloise, dont la mission est le transfert technologique et la création de start-ups basées sur des technologies issues de laboratoires de recherche du site Grenoble Alpes. A l'issue de de ce contrat, selon vos motivations vous aurez l'opportunité de poursuivre en participant à la création de l'éventuelle startup issue du projet.

Contraintes et risques

Pas de risques chimiques

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