Chercheur CDD (H/F) en barcoding/métabarcoding de pathogènes émergents aquatiques

Job Description

Missions

La personne sélectionnée jouera un rôle central dans le projet AQUAPAT. Ce projet vise à développer des outils opérationnels utilisant de nouvelles technologies moléculaires pour réaliser une surveillance simultanée et précise des pathogènes et de leurs hôtes compétents. Il prévoit également la réalisation d'une cartographie fine des zones critiques où les conditions environnementales locales favorisent l'émergence des pathogènes. En adoptant une approche proactive et holistique, le projet vise à améliorer la surveillance, le diagnostic et la gestion des maladies infectieuses, en fournissant des solutions concrètes et efficaces pour répondre aux défis posés par les pathogènes dans les écosystèmes aquatiques.

Le projet se structure autour de 2 axes :
i) Développement de nouveaux outils basés sur l'ADNe/ARNe et la dPCR pour améliorer la surveillance des pathogènes d’eau douce
ii) Etude du pathogène émergent Tetracapsuloides bryosalmonae, agent de la PKD, développement de marqueurs moléculaires et utilisation du métabarcoding pour caractériser le complexe d’espèces hôtes Bryozoaires

Dans le cadre de ce projet, la personne recrutée utilisera des ressources moléculaires et développera des outils bioinformatiques afin de décrire la diversité taxonomique des communautés de pathogènes. De plus, en utilisant des approches de métabarcoding à partir d’échantillons d’ADNe/ARNe, il s’agira de caractériser la diversité des communautés de l’hôte définitif du pathogène PKD, à savoir les bryozoaires.

Des collaborations seront établies avec des partenaires acteurs locaux impliqués dans le projet : OFB, Fédération de pêche, UFBAG, Agence de l’Eau Adour-Garonne, CEN, PNP, SHF, ASPS, FNE, ANSES…

Activity

-Mise au point moléculaire (dPCR, métabarcoding)
-Analyses bioinformatiques
-Synthèse de données environnementales
-Analyse statistique des données
-Participation au terrain
-Rédaction d'articles scientifiques et communication
-Encadrement de stagiaires

Your Profil

Skills

- Solides compétences en dPCR, désign d’amorces, multiplexage, métabarcoding et bioinformatique.
- Des connaissances préalables sur la structure des communautés de pathogènes en milieu aquatique et l’ADN environnemental seront demandées. Plus généralement, nous recherchons une personne ouverte d'esprit et intéressée par l’écologie et l’évolution des pathogènes émergents.

Your Work Environment

La personne recrutée sera basée au Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement (CRBE) situé à Toulouse sur le campus de l'Université de Toulouse - Paul Sabatier.

Compensation and benefits

Compensation

entre 3041€ et 3467€ brut mensuel selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

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