Missions

Développer un ensemble de logiciels pour l'analyse et la reconstruction 3D des données de microscopie par localisation de molécules uniques (SMLM).

Activités

Développer un ensemble d’outils informatiques dédiés à l’analyse et la reconstruction de données de microscopie SMLM dans le logiciel Napari (https://napari.org). Porter les codes existants du laboratoire (ondelettes, fit Gaussien, tracking développés en C/C++), et implémenter de nouvelles approches développées au sein d’autres laboratoires (spline, UI-PSF, etc.), en CPU et GPU. Effectuer une évaluation systématique des performances de chaque algorithme. Réaliser de la veille bibliographique et s’intéresser aux solutions d’acquisition permettant dans une seconde étape de réaliser de l’analyse SMLM en temps réel. Travail en autonomie sur projet principal et en équipe sur projets collaboratifs.

Compétences

Les candidats doivent avoir de solides connaissances en programmation (C#/C++,.NET, Python) et être autonomes. Une connaissance des principes fondamentaux de la microscopie et des méthodes de super-résolution par localisation de molécules uniques est recommandée. Le candidat doit être motivé pour être formé, si nécessaire, à l'acquisition des données. D'excellentes aptitudes à la communication, une ouverture d'esprit et une capacité à collaborer dans un environnement interdisciplinaire sont requises.

Contexte de travail

Créé en 2011, l'IINS rassemble 180 scientifiques de différentes nationalités et de différents horizons (chimie, biologie structurale, biologie moléculaire et cellulaire, biophysique, médecine clinique, imagerie avancée, neurobiologie) pour comprendre le fonctionnement du cerveau dans les états sains et pathologiques. L'IINS mène des recherches multidisciplinaires à la pointe de la biologie des synapses et de la physiologie des systèmes neuronaux, en mettant l'accent sur le développement de nouvelles technologies et de nouveaux outils.

Contraintes et risques

Possibilité de travail en horaires décalés