Missions

Ce projet qui a reçu un financement de l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) vise au développement de nouvelles classes de composés antibiotiques ciblant la synthèse des protéines. L'OMS a identifié les pathogènes ESKAPE (E. faecium, S. aureus, K. pneumoniae, A. baumannii, P. aeruginosa et Enterobacter spp.) comme cibles prioritaires pour la recherche de nouveaux antibiotiques. Ces pathogènes sont la principale cause d'infections nosocomiales et nombre d'entre eux sont résistants aux antibiotiques actuels. Le projet proposé est centré sur une famille de peptides antimicrobiens riches en proline (PrAMPs). Ces peptides qui pénètrent dans la bactérie en utilisant des transporteurs de la membrane interne se lient au canal de sortie du ribosome, bloquant ainsi la synthèse protéique. Ils représentent une nouvelle classe d'antibiotiques avec une forte activité contre des espèces bactériennes Gram(-) multirésistantes. L'objectif de ce projet est de synthétiser de manière rationnelle, sur la base de données biophysiques et structurales, des analogues optimisés de PrAMPs en les conjuguant notamment à différentes familles de molécules organiques. Les meilleurs candidats seront sélectionnés à l'aide d’approches biophysiques et microbiologiques et leur interaction avec le ribosome d’espèces ESKAPE sera analysée au niveau atomique par cryoEM.

Activités

- Chimie organique, synthèse multi-étape en solution et sur support solide
- Synthèse peptidique
- Techniques classiques de purification et d'analyse des molécules organiques.
- Rédactions de rapports et drafts de publications (en anglais)
- Présentations orales en séminaires de groupe (en anglais)

Compétences

Thèse en chimie organique avec expertise souhaitée dans le domaine de la chimie bio-organique et chimie médicinale. Nous recherchons des candidats motivés avec un parcours solide. Une très bonne maitrise de l'anglais sera un plus de même que des capacités rédactionnelles et de présentation.
Autonome et rigoureux, ouvert au travail en équipe et à des environnements de travail différents (missions possibles en collaboration)

Contexte de travail

Ce projet qui combine chimie organique et chimie des peptides sera réalisé principalement dans le groupe de Gilles Guichard à l’Institut de Chimie et Biologie des Membranes et Nanoobjets (CBMN) au sein de l'Institut Européen de Chimie et Biologie (IECB). CBMN and IECB sont des centres de recherche dynamiques et interdisciplinaires situés sur le campus de l'Université de Bordeaux, France. Le laboratoire est parfaitement équipé pour la synthèse organique et l'institut est doté de plateformes technologiques associant une instrumentation de pointe dans le domaine de l'analyse physicochimique (RMN, spectrométrie de masse, diffraction des rayons X,...)
Ce projet financé par l’ANR associe de manière très complémentaire l’équipe Structure, dynamique et ciblage des machines biomoléculaires dirigée par Eric Ennifar à l’Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire de Strasbourg. Une partie du projet (mesures biophysiques et biologie structurale) pourra être réalisée dans le cadre de missions au sein du laboratoire de son équipe.

Contraintes et risques

Contrainte Hygiène et Sécurité reliée à la manipulation de produits chimiques. Les expériences de synthèse chimique seront réalisées dans le laboratoire du PI à l'IECB dans un laboratoire équipé et fonctionnel en termes de hottes.