Ingénieur de recherche H/F en bioinformatique: génétique des populations et génomique comparative de nématodes subissant l'élimination programmée de l'ADN

Description du Poste

Les Missions

Nous étudions le processus d'élimination programmée de l'ADN (PDE) chez des nématodes non parasites, du genre Mesorhabditis. Chez les nématodes, la PDE implique la destruction systématique de certaines parties des chromosomes dans toutes les cellules somatiques au cours du développement embryonnaire précoce. En conséquence, les individus adultes possèdent deux génomes : un génome complet dans les cellules germinales et un génome réduit et fragmenté dans les cellules somatiques.

Nous caractérisons le processus de PDE chez les nématodes du genre Mesorhabditis en utilisant des approches à la fois génomiques et fonctionnelles. Nous avons récemment découvert qu'un motif particulier détermine avec précision les sites où des cassures double brin sont induites lors de la PDE, et que ce motif est soumis à de fortes contraintes au niveau de sa séquence (données non publiées). Bien que ce motif soit présent chez toutes les espèces de Mesorhabditis étudiées à ce jour, nous ne disposions pas, jusqu'à récemment, de la résolution phylogénétique nécessaire pour caractériser les forces sélectives s'exerçant sur ce motif ainsi que, plus généralement, sur le processus de PDE lui-même.

Nous produisons actuellement des données à cette fin, sous la forme de données de génétique des populations pour une espèce spécifique de Mesorhabditis et de génomes d'espèces étroitement apparentées dans le genre. Dans ce contexte, nous recherchons un ingénieur de recherche en bio-informatique pour exploiter ces données afin de caractériser finement les forces sélectives (sélection purificatrice, sélection positive, dérive génétique) s'exerçant sur le motif PDE chez Mesorhabditis, ainsi que sur d'autres éléments génomiques soupçonnés de jouer un rôle dans ce processus, à savoir les éléments transposables.

L'Activité

Vous jouerez un rôle central dans un projet ambitieux visant à caractériser les forces sélectives agissant sur l'élimination programmée de l'ADN chez les nématodes.

Les taches principales seront:
- Tâche 1: Assembler les génomes de 10 souches d’une espèce de Mesorhabditis, M. belari, ainsi que quelques espèces proches, en utilisant la technologie long-read PacBio HiFi data + Hi-C et réaliser des contrôles qualité dans assemblages obtenus.
- Tâche 2: Annotater le génome de reference de M. belari (que nous avons déjà) pour les éléments répétés: élements transposables et satellites. Un traitement manuel des annotations pour certaines familles de transposons d’interet sera probablement necessaire.
- Tâche 3: Réaliser un appel de variants contre le génome de reference de M. belari pour les nouveaux génomes, recherchant des variants de types SNPs, INDELS, et des variants structuraux. Au sein des variants structuraux, nous chercherons particulièrement les évidences de mobilités d’elements transposables.

Votre Profil

Compétences

Qualifications: Un master en bio-informatique constitue est requis. Compte tenu de l'étendue des activités, un doctorat en bio-informatique est également vivement recommandé.

Compétences techniques. Le candidat/la candidate devra maîtriser (en italique, le langage que nous privilégierons) :
- Le développement de pipelines bioinformatiques (Nextflow, Snakemake ou bash)
- L'analyse de données avec R ou un outil équivalent
- Un langage de développement : Python, C++, Rust ou équivalent

Experience.
Le candidat/la candidate devra justifier d'une solide expérience dans au moins deux des domaines suivants :
- Génomique comparative et évolution moléculaire
- Génétique des populations : identification de variants (variant calling), manipulation de fichiers VCF
- Assemblage de génomes : assemblage à partir de lectures longues (long-read), scaffolding par Hi-C, décontamination, élimination des duplications haplotypiques, visualisation de cartes de contact Hi-C
- Annotation des éléments transposables
- Prédiction de gènes dans des génomes assemblés (de novo, à partir de données RNA-Seq ou de protéines)

Votre Environnement de Travail

Date de démarrage souhaitée: Janvier 2027 (flexible)
Durée du contrat 2 ans
Equipe: Le projet est coordonné par deux responsables d’équipe: Laurent Duret, (équipe BPGE) au LBBE (Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, Lyon) et Marie Delattre( équipe WORM) au LBMC (Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule, Lyon).

Sites web: BPGE (https://lbbe-web.univ-lyon1.fr/en/bioinformatics-phylogeny-and-evolutionary-genomics-group) , WORM (https://www.ens-lyon.fr/LBMC/equipes/NematodeCell)

Encadrants: Vous serez supervise par Brice Letcher, postdoc dans l’équipe BPGE et WORM, et par Laurent Duret. Votre bureau sera situé dans les locaux du LBBE, sur le Campus de La Doua, Lyon.

Rémunération et avantages

Rémunération

entre 3 175€ et 4 864€ brut mensuel selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

Le CNRS

Les métiers de la recherche