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CDD Ingénieur d'Etudes biologiste, spécialiste séquençage à haut débit (H/F)


Date Limite Candidature : mardi 28 septembre 2021

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Informations générales

Référence : UMR5174-AMAPEL-006
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : mardi 7 septembre 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 10 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Salaire brut mensuel entre 2109 et 2688 euros selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Coordination des projets en lien avec les techniques de séquençage à haut débit

Sa mission consiste à participer à la mise en œuvre et au suivi des projets de l'unité utilisant les techniques de séquençage à haut débit : traitement et suivi des échantillons, mise en place et suivi de budgets, contribution aux analyses bioinformatiques et traitement des données, rédaction de rapports en interaction avec les utilisateurs.

Activités

Activités principales
• Choix et adaptation des protocoles de préparation et d'analyse d'échantillons de plantes, champignons, sols, invertébrés en biologie moléculaire
• Mise en pratique des techniques d'extraction d'ADN/ARN, PCR, PCR multiplex, séquençage, génotypage, analyses bioinformatiques
• Coordination des projets en lien avec les techniques de séquençage à haut débit pour l'unité : organisation et préparation des librairies pour le séquençage à haut débit (metabarcoding, shotgun, capture)
• Suivi de la gestion financière liée à ces projets de séquençage à haut débit
• Présentation des résultats
• Rédaction des rapports et des notes techniques

Activités associées
• Encadrement des nouveaux arrivants, personnels techniques et stagiaires, pour l'élaboration et la conduite des protocoles expérimentaux en biologie moléculaire
• Formation en interne des utilisateurs aux principes et à la mise en œuvre des techniques utilisées
• Veille scientifique et technologique, en particulier liée au séquençage à haut débit
• Participation à la gestion du plateau de biologie moléculaire du Laboratoire
• Rédaction des protocoles et des notes techniques dans l'unité
• Application du dispositif d'hygiène et sécurité dans les pièces de laboratoire

Compétences

Connaissances
• Connaissances approfondies des méthodes utilisées en écologie évolutive (biologie moléculaire, techniques de séquençage à haut débit, biochimie)
• Connaissance des procédures d'échantillonnage des communautés animales et végétales au sein de populations de différents groupes taxonomiques
• Connaissances approfondie des réglementations en matière d'éthique
• Connaissance de la règlementation en hygiène et sécurité
• Connaissances générales en chimie, mathématiques, physique


Compétences opérationnelles
• Utilisation et maintenance des instruments dédiés à l'analyse et l'expérimentation en biologie moléculaire (qPCR, TapeStation, Bioruptor, thermocycleurs, spectrophotomètre, fluorimètre, centrifugeuses, microscopes, robot pipeteur... )
• Mise en œuvre et adaptation des protocoles d'expériences en biologie moléculaire et biochimie
• Utilisation des outils informatiques et des logiciels pour le traitement de séquences Sanger, microsatellites, séquençage (Geneious, Obitools) et statistiques (R)
• Maitrise des logiciels de bureautique
• Rédaction de rapports
• Correspondante entre le laboratoire EDB et la plateforme génomique Génopole Toulouse Midi-Pyrénées.
• Capacité d'écoute, sens des relations humaines et du travail en équipe
• Anglais: compréhension et expression écrite et orale

Contexte de travail

L'UMR EDB (CNRS, Université Toulouse III-Paul Sabatier, IRD; Toulouse) regroupe plus de 100 personnels. L'Unité cherche à comprendre les processus écologiques et évolutifs qui génèrent et maintiennent la diversité biologique des individus, des populations et des communautés. Ses objectifs sont d'évaluer et de caractériser la biodiversité, d'étudier les mécanismes du changement de biodiversité et d'évaluer le rôle de la sélection dans les populations et la spéciation. Les équipes utilisent des techniques de biologie moléculaire en lien avec des données d'observation et d'expérimentation.
Le plateau de biologie moléculaire et microbiologie (B2M) répond aux besoins des différents projets de l'Unité dans ce domaine, visant à développer des approches en amont sur l'analyse de la biodiversité. Le plateau B2M comprend actuellement 4 permanents (dont deux IR) et 6 non-permanents.

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