Missions

Conception et mise en production d'outils informatiques destinés au criblage in silico de chimiothèques et à la conception rationnelle chimio-informatique de molécules à visée thérapeutique.

Activités

- Contribuer au développement d'un pipeline de criblage virtuel de chimiothèque à haut débit sur cluster de calcul (4000 cœurs).
- Développer les protocoles d'agrégation, de traitement et de filtrage des données résultantes du pipeline.
- Concevoir une interface utilisateur HTML interactive de visualisation des données finales résultantes du criblage.
- Contribuer au développement d'une méthode originale de recherche de pharmacophores à partir des données brutes du criblage virtuel.
- Mise en production et test du pipeline sur des sujets du laboratoire et d'une équipe collaboratrice.

Compétences

- Les candidatures de titulaires d'un doctorat en chimie théorique ou en bio-informatique seront privilégiées.
- Expérience préalable dans un ou plusieurs sujets en matière de chimio-informatique, 'drug design' et biologie structurale des complexes protéine-ligand.
- Maitrise des outils et concepts liés à la modélisation moléculaire (AlphaFold et apparentés), dynamique moléculaire (GROMACS, NAMD) et docking (VINA et dérivés).
- Maîtrise des langages Python et Fortran et de l'écriture de scripts Bash.
- Maîtrise de RDKIT et BioPython.
- Maîtrise de l'HTML5/CSS3, JavaScript et JQuery.
- Connaissances du gestionnaire de ressources SLURM.
- Bonne pratique de la maintenance de code et de la gestion de versions.
- Anglais requis.
- Curiosité, dynamisme, autonomie.

Contexte de travail

Les recherches seront menées au sein de l'Unité de Microbiologie Moléculaire et Biochimie Structurale du Campus Biosciences de Lyon Gerland, à côté du Centre de Recherche en Infectiologie et du laboratoire Jean Mérieux. MMSB est une Unité Mixte de Recherche (UMR) pluridisciplinaire gérée, outre le CNRS, par l'Université de Lyon. L'objectif de MMSB est de comprendre les mécanismes moléculaires qui sous-tendent la pathogenèse microbienne et d'étudier les interactions moléculaires et macromoléculaires en termes structurels, dynamiques et fonctionnels. Les groupes utilisent des approches de biologie cellulaire et de biochimie en combinaison avec la biologie structurale. Le MMSB accueille 11 groupes de recherche différents, totalisant plus de 90 membres. L'unité est située à proximité du centre-ville et bénéficie d'un accès aisé aux transports publics, notamment au métro, au tramway et aux pistes cyclables. Le laboratoire offre un environnement accueillant avec une atmosphère de travail conviviale et satisfaisante, d'excellentes installations, ainsi que des opportunités de formation et de développement.

Le(a) candidat(e) s'intégrera dans l'équipe "Rétrovirus et Biochimie Structurale" de l'unité MMSB qui comprend actuellement 5 personnels permanents (PR, CR, MC et IR) et 3 non permanents (IE, doctorants). Il/elle travaillera ainsi au quotidien en relation avec deux membres de l'équipe porteurs du projet de développement (PR et IR).

Avantages possibles : prise en charge partielle de l'abonnement aux transports en commun par l'employeur, accès à un site de Restauration entreprise à tarif subventionné.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Travail sur poste informatique.