Missions

Concevoir et développer des approches de microscopie en temps réel et de biologie moléculaire pour comprendre le rôle de l’activité transcriptionnelle sur la dynamique du génome.

Activités

• Définir l'ensemble des techniques d’imagerie à fluorescence à haute résolution adossées à de la culture cellulaire et des approches de biologie moléculaire pour étudier les changements de la structure du génome et réponse à l’activation transcriptionnelle
• conduire en spécialiste, la réalisation du projet visant à comprendre les rôle de l’activité transcriptionnelle sur la dynamique du génome, déchiffrer les mécanismes de régulation mis en jeu
• Traiter les données (analyser, interpréter et valider les résultats)
• Interagir avec les collègues en physique pour alimenter la modélisation par les données expérimentales
• Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques
• Encadrer des étudiants en stage de Master
• Assurer une veille scientifique et technologique
• Appliquer et faire appliquer les règles d'hygiène et de sécurité
• Participer à la rédaction de dossiers dans le cadre des demandes de financement

Compétences

Connaissances
• Culture de cellules humaines
• Edition du génome par CrispCas9
• Maitrise de l’utilisation de microscopes à fluorescence haute résolution, notammment spinning disk
• Maitrise d’approches génomiques type ATAC-seq, ChIP seq
• Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité
• Informatique appliquée
• Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
Compétences opérationnelles
• Optimiser dispositifs expérimentaux pour l’étude par l’imagerie du vivant
• Edition du génome
• Utiliser et maitriser les logiciels spécifiques, notamment à l’analyse d’images haute résolution
• Capacité à comprendre la modélisation de physique des polymères
• Rédiger des documents scientifiques (expert)

Contexte de travail

Le projet ChromaDyn financé par le programme ‘Scaling Up Science’ TIRIS 2024 explore les mécanismes liant la dynamique de la chromatine au contrôle de la transcription, combinant modélisation numérique, physique des polymères et imagerie in vivo. Ce projet interdisciplinaire associe l'équipe de physique statistique dirigée par M. Manghi (LPT, Toulouse) et celle de biologie menée par K. Bystricky (CBI, Toulouse). À l’aide de simulations de dynamique brownienne, il examine la corrélation entre la transcription par l’ARN polymérase et la dynamique de la chromatine. Les résultats, interprétés via la physique des polymères et la dynamique stochastique, seront comparés aux trajectoires des gènes observées in vivo. Sur des cellules tumorales mammaires humaines, le projet analyse les déplacements de la chromatine dans le noyau lors de l’activation transcriptionnelle. Une modélisation basée sur ces données permettra d’étudier les effets mémoire à l’origine de la diffusion anormale de la chromatine.
Le postdoctorant (H/F) sera chargée de la partie expérimentale et interagira avec un doctorant en physique théorique.

Contraintes et risques

Travailler sur microscopes à fluorescence et laser
Travailler sur ordinateur